Место рождения Мустафа Али, один из главных историков 16-го века, пишет, что Рустем Паша был хорватского происхождения (hırvadiyü’l-asl). В современных краеведческих источниках сразу три города региона Далмация называют себя родиной Рустема: Скрадин, Клис, Макарска. Утверждают это они на том основании, что в этих городах по указу могущественного визиря были основаны благотворительные фонды вакуфы. Однако вакуфы имени Рустема существовали и во многих других частях Османской Империи. Большее количество источников всё же утверждает, что Рустем был родом из Боснии. Так Бернардо Наваджеро в 1552-м году писал, что Рустем - серб, но родился недалеко от города Сараево, а в записках от 1558 года Николо Микьеле указано, что Рустем - босниец самого скромного происхождения. Эти сведения косвенно подтверждаются тем, что судьёй (кади) Сараево зарегистрирована продажа дома доверенным лицом Рустема в интересах его сестры Нефисе Ханым, дочери Мустафы. А в деревне Бутомир, что близ Сараево по поручению