После печати книг «Апостол» и «Часовник» Иван Федоров покинул Москву, забрав с собой шрифты. Сам он писал о притеснениях со стороны чиновников и священников.
В биографии Ивана Федорова немало белых пятен; под знаком вопроса место и дата рождения. Он родился в период с 1510-го по 1530-й год. Некоторые исследователи высказали предположение, что книгопечатник происходил из шляхетского рода. В архивах Краковского университета хранились данные о «бакалавре Иоанне Федорове, москвитянине».
Пока молодой человек учился, Иван Грозный пригласил из-за рубежа мастеров печатного дела. Одним из первых в Москву прибыл датчанин Ганс Мессингейм. Под руководством Мессингейма были анонимно изданы несколько книг. Вероятно, одним из его учеников стал Иван Федоров.
Печатный двор в столице располагался на Никольской улице. Напарником Федорова стал Петр Мстиславец. В 1563—1564 годах они напечатали книгу «Апостол» из 267 листов. На каждой странице поместилось 25 строк. Использовались краски высокого качества, поэтому четкость изображения со временем не пострадала. На гравюре на фронтисписе изображен евангелист Лука.
Над «Апостолом» работали год. Федоров и Мстиславец вырезали деревянные орнаменты, отливали литеры разных шрифтов. Буквы были округлыми с наклоном вправо. Итальянский путешественник, оказавшийся в Москве, отмечал: «Я видел, с какой ловкостью печатались книги». Золотое тиснение, аккуратные рисунки — издание было настоящим произведением искусства. Следующим из печати вышел «Часовник». Работа над ним заняла меньше времени, однако книга уступала «Апостолу» в художественных качествах.
После издания «Часовника» Иван Федоров и его компаньон решили уехать из Москвы. Возможно, причиной послужила конкуренция со стороны переписчиков; их «бизнес» оказался под угрозой исчезновения. Сам Федоров писал о давлении со стороны московских священников и чиновников. Так или иначе, мастера переехали в Литву. Здесь они вели работу в Заблудовской типографии.
После закрытия Заблудовской типографии Иван Федоров переехал во Львов и затем в Острог, где в 1581 году напечатал «Острожскую Библию». Книга была издана тиражом до 1500 экземпляров и состояла из 628 листов (104 тетрадей). В «Острожской Библии» использованы 6 шрифтов.
Известно, что Иван Федоров путешествовал по Европе. В декабре 1583 года книгопечатник скончался, его похоронили во Львове.