Возможно, наиболее широко исследуемой стратегией регулирования микробиоты является использование пребиотиков. Пребиотики определяются как «субстрат, который избирательно используется микроорганизмами-хозяевами, принося пользу для здоровья», то есть питательные вещества, устойчивые к секреции кислоты желудочного сока, и пищеварительные ферменты, которые, попадая в кишечник, стимулируют рост полезных микробов или их активность. Некоторые диетические компоненты, такие как инулин, фруктоолигосахариды, галактоолигосахариды и резистентный крахмал, были изучены как пребиотики, и их эффективность обычно косвенно измеряется по продукции короткоцепочечных жирных кислот или снижению рН кишечника. Инулин представляет собой фруктановый углевод, степень полимеризации которого может варьировать, а количество фруктозных цепей составляет от 2 до 60 мономеров. Инулин стимулирует рост лактобацилл и бифидобактерий; кроме того, было описано увеличение популяций F. prausnitzii и A. muciniphila в кишечни