В исследованиии микробиота здоровых людей была сгруппирована по трем так называемым «энтеротипам». Каждый кластер характеризовался наличием некоторых высокоразвитых родов бактерий, которые определяли эту группу, и многих менее распространенных родов. Энтеротип 1 был обогащен родом Bacteroides , энтеротип 2 - Prevotella, в то время как у энтеротипа 3 преобладал Ruminococcus.
Доминантные роды, как правило, наблюдались вместе с другими меньшинствами (Parabacteroides, Desulfovibrio и Akkermansia соответственно), которые, несмотря на их низкую численность, выполняли специализированные функции, полезные для хозяина и важные для определения энтеротипа. Хотя каждый энтеротип предпочитал определенные пути выработки энергии, что предполагает специализацию их экологических ниш, имеющиеся данные подтверждают идею о том, что кишечная микробиота характеризуется высокой функциональной избыточностью.
Фактически, было обнаружено, что от 25% до 43% ферментативных функций микробиоты являются общими, независимо от энтеротипа, к которому принадлежит микробиота.
Несколько лет спустя другая публикация связала эти энтеротипы с длительными диетами. Энтеротип Bacteroides был тесно связан с множеством аминокислот из животных белков и насыщенных жиров и, следовательно, с западными диетами. Напротив, энтеротип Prevotella был тесно связан с углеводами и простыми сахарами, что указывает на его связь с типичными диетами аграрных сообществ.
Сейчас также используется метагеномный подход для классификации индивидуумов по количеству генов, кодирующих микробиоту кишечника, на «низкое количество генов» (LGC) или «высокое количество генов» (HGC), в зависимости от того, содержит ли их микробиота менее или более 480 000 генов соответственно. Этот подход основан на функциональности микробиоты и ее связи с составом микробиоты. Различие в среднем количестве кодирующих генов между группами заметно велико, достигает около 40%, и связано с микробным разнообразием. В целом, люди с LGC имеют менее богатую микробиоту, в которой преобладают Bacteroides, Parabacteroides, Ruminococcus, Campylobacter, Dialister, Porphyromonas, Staphylococcus, Anaerostipes и большинство представителей типа Bacteroidetes. Тогда как роды Firmicutes и роды Faecalibacterium, Bifidobacterium, Lactobacillus, Butyrivibrio, Alistipes, Akkermansia, Coprococcus и Methanobrevibacter связаны с индивидуумами HGC.
