Микроорганизмы в любой среде обитания делятся на культивируемые (которые можно вырастить в лаборатории) и некультивируемые (которые нельзя вырастить в лаборатории и о которых мы знаем только благодаря анализу ДНК).
Некультивируемых микробов называют «микробной темной материей» (microbial dark matter). В настоящее время считается, что она составляет 99% от всего известного нам микробного мира. Можете себе представить как много мы ещё не знаем о мире вокруг нас.
О темной микробной материи мы узнали с началом развития методов сиквенирования генома и к настоящему моменту накопили тысячи микроорганизмов, о существовании которых мы знаем, но до сих пор не научились их выращивать в лаборатории. Все они свалены в одну большую коробку под названием Кандидаты (Candidatus), потомучто не могут быть описаны методами классической систематики в силу своей некультвируемости. Однако эту коробку надо как-то разбирать.
Вчера в журнале Nature Microbiology вышла статья, где большая группа учёных разработала правила для систематики всех этих кандидатных микроорганизмов. Иными словами, они предложили разобрать коробку и разложить всё по полочкам, сделать понятный и доступный каталог. С точки зрения науки систематика – это фундаментальная, но очень интересная штука, потомучто она помогает выстраивать систему мира вокруг нас. Благодаря систематике мы знаем, например, о родственных группах растений и животных и на основании чего те или иные организмы являются близкими друг к другу. Но какой профит от этого не учёным?
Всё очень просто, когда система названия некультивируемых микроорганизмов обретет порядок и правила, станет понятно, где и как живут те или иные некультивируемые микробы и как они соотносятся между собой. А, значит, мы сможем лучше понимать не только процессы функционирования кишечной микрофлоры, но и функции почвенных или морских экосистем. И, возможно, совершим некие прорывы в научном знании. Так что микробная темная материя присутствует не только в окружающей среде, но и в наших свами организмах. А систематика – это один из блоков науки без которого мы слепы в наших суждениях и практически не можем изучить как же организван этот некультивируемый микромир.