Вернемся к князьям Глинским. После брака Елены с великим князем значение рода Глинских возросло, а после смерти государя братья Михаил Васильевич и Юрий Васильевич Глинские и вовсе стали фактическими правителями государства. По их наущению Иван Грозный приказал казнить Андрея Михайловича Шуйского, Ивана Кубенского, Фёдора Семёновича и Василия Михайловича Воронцовых, заточил в темницу конюшего Фёдорова-Челядина. Юрий Глинский участвовал в обряде венчания Ивана Васильевича на царство, осыпал царя золотыми деньгами.
Но против Глинских при дворе образовался круг бояр во главе с Шуйскими. Противники Глинских воспользовались ситуацией, которая сложилась в Москве в 1547 году. Великий пожар уничтожил большую часть столицы. Погибло несколько тысяч жителей, а десятки тысяч остались без дома и средств к существованию. Бояре внушили царю, что пожар произошел из-за колдовства. Иоанн велел провести расследование.
Подождав несколько дней пока молва о «реальной» причине трагедии разнесется по Москве, бояре собрали жителей на площади и стали спрашивать, о виновниках пожара. Отовсюду раздавалось: «Глинские! Глинские! Мать их княгиня Анна вынимала сердца из мертвых, клала в воду и кропила ею все улицы, ездя по Москве. Вот отчего мы сгорели!»
Видя ярость толпы, Юрий спрятался в соборной церкви Успения, но народ вломился вслед за ним. Тело князя выбросили на Лобное место, большинство слуг Глинских убили, имущество разграбили. Вдова Юрия постриглась в монахини с именем Евфросинии. Княгиня Анна с сыном Михаилом находилась в то время во Ржеве, поэтому им удалось избежать смерти. После восстания Анна тоже ушла в монастырь, а Михаил служил воеводой, участвовал в Ливонском походе. В 1556-1557 года занимал должность новгородского наместника.
Выжившие Глинские наследников не оставили, и на них род пресекся.