После повторного открытия городов Майя в тропических лесах, исследователи и археологи начали обсуждать причину их упадка. Неудивительно, что при нынешнем состоянии этих, некогда великих городов, многие европейцы и американцы поначалу решительно отвергали саму идею цивилизации.Она процветающая в дебрях тропического дождевого леса. Ученые пришли к выводу, что упадок городов Майя был неизбежен, много неблагоприятных природных условий, что цивилизация никогда не могла бы возникнуть там, сама по себе. С их точки зрения мая были колонистами из других мест: от Мексики до Египта или Китая.
Крушений цивилизации Майя была внезапная природная катастрофа, безмолвные города поглощенные тропическим лесом, действительно создавали впечатление будто их покинули в спешке. Люди бежали от катастрофы и не вернулись назад. Несколько городов майя включая Киригуа, действительно подвергались землетрясением. Однако в большинстве крупных центров Майя расположенных довольно далеко от линий разломов земной коры, нет признаков ущерба от землетрясений.
Эпидемические болезни, такие как бубонная чума, в средневековой Европе приводили к массовой гибели населения и сильным общественным волнениям. В качестве одной из причин ухода Майя из городов на низменных равнинах предполагалась желтая лихорадка, хотя эта болезнь по всей видимости была не слишком распространена в новом свете до 1492 года. У исследователей нет вещественных доказательств поддерживающих теорию эпидемического заболевания, ни скелетов погибших людей, ни массовых захоронений жертв эпидемии.
Карибские ураганы часто проносились над низменностями мая опустошая значительные области сельскохозяйственных земель, тема ураганов и болезни переплетаются в гипотезе. Согласно которой, разрушительный вирус поражающий кукурузу достиг прибрежных низменностей. Принесенный с Востока карибского моря ураганными ветрами и уничтожил посевы Майя, от которых зависело благополучие.
Другая версия катастрофы содержится в гипотезе о вторжении более воинственного народа из Мексики, который стал причиной падения Майя. Профессора из гарвардского университета выдвинули предположение, что захватчики были лучше вооружены и организованы, пришли с побережья мексиканского залива и как саранча пронеслись по землям Майя. Были обнаружены резкие изменения в формах бытовой керамики архитектуры и скульптуры, это позволило исследователям утверждать, что города были захвачены чужеземцами. Чужеземцы установили там свои обычаи и порядки,на них указывает появление богов мексиканского Пантеона и изображение явного иностранца, со стрижкой и обрезанными усами на скульптуре датируемое 849 годом.
Причиной падения цивилизации Майя был конфликт более мирного характера. Они утверждают, что жители низменностей зависели от торговых отношений для поддержки амбициозных строительных программ, осуществляемых городскими правителями. Все было прекрасно пока торговые маршруты проходили через Тикай, но в девятом веке нашей эры был открыт более короткий морской маршрут, вокруг полуострова Юкатан. Лишившись главного источника благосостояния правители Майя обнищали, а их города вскоре пришли в упадок. Археологические данные составных торговых центров действительно показывают, что в то время они находились на подъеме, так что эта теория пользуется определенной поддержкой.
