В тех случаях, когда конфигурация 1С будет использоваться в разных отделах предприятия, например, в отделе снабжения и сбыта и на складе, имеет смысл распределить объекты конфигурации по подсистемам.
В чём преимущества такого подхода? Легко разграничить права доступа. Снабсбыт будет видеть только свои объекты и не сможет лезть в складские и хозяйничать там. Кладовщикам, соотвественно, будут доступны только складские объекты конфигурации.
И разработчику удобнее оперировать объектами конфигурации, когда они распределены по подсистемам в соответствии со своими функциями. Тем более, что у каждой подсистемы можно делать свои подсистемы.