Во второй половине XV века Московское княжество усилило давление на Новгородскую республику.
Там образовалась группа бояр во главе с Марфой Борецкой, выступивших за союз с Великим княжеством Литовским, которое обещало помощь в борьбе против притязаний Московского великого князя. После смерти авторитетного архиепископа Ионы, главы новгородского боярского правительства, в город прибыл на княжение посланный польским королём и литовским князем Казимиром IV князь Михаил Олелькович.
Затем новгородцы отправили своего кандидата на пост архиепископа на поставление в сан не к московскому митрополиту, а к киевскому православному митрополиту, находившемуся в Великом княжестве Литовском. Одновременно они начали вести переговоры с Казимиром IV о поддержке на случай войны с Иваном III. Эти шаги вызвали возмущение народных масс («Земстие люди того не хотяху», - отмечает летописец). Не было единства и среди бояр. Следствием стало ослабление военной мощи Новгорода.
Иван III пытался повлиять на Новгород дипломатическим путём через представителей церкви. Митрополит упрекал новгородцев в предательстве и требовал отказаться от «латинского государства», но вмешательство церкви только усилило разногласия и политическую борьбу в Новгороде.
Действия новгородцев были расценены в Москве как «измена православию». Несмотря на то, что Михаил Олелькович в марте 1471 года покинул Новгород и уехал в Киев, Иван III принял решение организовать общерусский «крестовый поход» на Новгород. Религиозная окраска этого похода должна была сплотить всех его участников и заставить всех князей прислать свои войска на «святое дело».
Дипломатические усилия Новгорода по заключению союза с Казимиром не привели к успеху. Быстрое наступление московских войск помешало новгородцам завершить переговоры. Договор не был утверждён королём, занятым в это время борьбой за чешский престол, и Литва уклонилась от войны с Москвой. К московским войскам присоединились полки союзного Великого княжества Тверского, Пскова, а также правитель Касимовского ханства Данияр с дружиной. С задержкой новгородцам удалось организовать Новгородское ополчение, во главе которого встали Василий Казимир и Дмитрий Борецкий, сын Марфы. Несмотря на численное превосходство новгородского войска, москвичам удалось одержать решительную победу. Как следует из новгородских источников, новгородцам поначалу удалось использовать свой численный перевес. Но тут на новгородскую пехоту обрушилась татарская конница, которая в этом походе была основной ударной силой Ивана III.
Поражение при Шелони сделало неизбежным конец независимости Новгородской земли и конец Новгородской республики.