Основной целью создания нового нацпарка стало сохранение восточносибирской популяции стерха. Стерх внесен в Международную Красную книгу как вид, находящийся под угрозой исчезновения, и как редкий вид — в Красную книгу РФ.
«Вместе с тем создание национального парка направлено на сохранение эталонных тундровых ландшафтов Яно-Индигирской низменности, редких и исчезающих видов животных, включая яно-индигирскую популяцию дикого северного оленя, поддержание традиционного природопользования коренных народов Севера и развитие экологического туризма», — уточняет Минприроды РФ.
Из позвоночных животных на территории национального парка отмечен 21 вид млекопитающих и 91 вид птиц, 63 из них — гнездящиеся. Здесь располагаются гнездовья включенных в Красную книгу РФ стерха, белоклювой гагары, пискульки, малого лебедя, клоктуна, кречета, сапсана, места массовой линьки водоплавающих птиц.
Кроме этого, на территории парка встречаются волк, песец, росомаха, ондатра, представители отряда грызунов, отмечаются заходы дикого северного оленя, лося, соболя, горностая, ласки, бурого медведя, а также овцебыка, занесенного в Красную книгу Якутии.
