Некоторые креационисты ссылаются на то, что, по их словам, является неполной ископаемой летописью в качестве доказательства несостоятельности эволюционной теории.
Перечень окаменелостей был неполный во времена Дарвина, но многие важные пробелы, которые существовали тогда, были заполнены последующими палеонтологическими исследованиями. Возможно, самым убедительным ископаемым свидетельством эволюции является последовательность окаменелостей от раннего до недавнего времени.
Нигде на Земле мы не находим, например, млекопитающих в девонских слоях или человеческие окаменелости, сосуществующие с останками динозавров. Нетронутые слои с простыми одноклеточными организмами предшествуют тем, которые имеют многоклеточные организмы, а беспозвоночные предшествуют позвоночным. Нигде эта последовательность не была найдена перевернутой.
Окаменелости из соседних слоев более сходны, чем окаменелости из отдаленных во времени слоев. Наиболее разумный научный вывод, который можно сделать из летописи окаменелостей, заключается в том, что происхождение с последующими изменениями произошло, как указано в теории эволюции.
Так же креационисты утверждают, что «никто не видел, чтобы произошла эволюция». Это упускает из виду то, как наука проверяет гипотезы. Мы не видим, как Земля вращается вокруг Солнца или атомов, составляющих материю. Мы «видим» их последствия. Ученые делают вывод, что атомы существуют, а Земля вращается, потому что они проверили гипотезы, основанные на этих концепциях, путем обширных наблюдений и экспериментов.
Кроме того, в незначительном масштабе мы «переживаем» эволюцию, происходящую каждый день. Ежегодные изменения в вирусах гриппа и появление устойчивых к антибиотикам бактерий являются продуктами эволюционных сил.
Действительно, скорость, с которой организмы с коротким временем генерации, такие как бактерии и вирусы, могут развиваться под воздействием окружающей среды, имеет большое медицинское значение. Многие лабораторные эксперименты показали, что из-за мутаций и естественного отбора такие микроорганизмы могут сильно отличаться от предшествующих поколений.
В более широком масштабе, эволюция комаров, устойчивых к инсектицидам, является еще одним примером стойкости и приспособляемости организмов в условиях стресса окружающей среды.
Точно так же малярийные паразиты стали устойчивыми к лекарствам, которые широко использовались для борьбы с ними в течение многих лет. Как следствие, заболеваемость малярией возрастает, причем ежегодно наблюдается более 300 миллионов клинических случаев малярии.
Молекулярно-эволюционные данные противоречат недавнему предложению под названием «теория разумного замысла». Сторонники этой идеи утверждают, что структурная сложность является доказательством прямой руки Бога в создании особого организма, каким человек является сегодня.
Эти аргументы повторяют аргументы священнослужителя 18-го века Уильяма Пэли, который считал, что глаз позвоночных, из-за его сложной организации, был специально разработан в его нынешнем виде всемогущим Создателем.
Многие этапы, через которые проходит кровь, когда она сворачивается, настолько сложны, что они могут функционировать, только если все компоненты работают одновременно. Таким образом, сторонники "разумного замысла" говорят, что эти структуры и процессы не могли развиться в ступенчатом режиме, характерном для естественного отбора.
Например, неверно полагать, что сложная структура или биохимический процесс может функционировать, только если все его компоненты присутствуют и функционируют так, как мы их видим сегодня.
Сложные биохимические системы могут быть созданы из более простых систем путем естественного отбора. Таким образом, «история» белка может быть прослежена через более простые организмы. У челюстных рыб более простой гемоглобин, чем у млекопитающих.
Эволюция сложных молекулярных систем могла происходить несколькими способами. Естественный отбор объединил части системы для одной функции за один раз, а затем, позднее, объединил эти части с другими системами компонентов, чтобы создать следующую систему, имеющую другую функцию.
Гены могут быть продублированы, изменены, а затем усилены путем естественного отбора. Таким образом был объяснен сложный биохимический каскад, приводящий к свертыванию крови.
Точно так же эволюционные механизмы способны объяснить происхождение очень сложных анатомических структур. Например, глаза могли развиваться независимо много раз в течение истории жизни на Земле.
Этапы переходят от простого пятна глаза, состоящего из светочувствительных клеток сетчатки (как у плоского червя), к формированию отдельных светочувствительных единиц (омматидии) как у насекомых с линзами, фокусирующими свет, к возможному образованию глаза с одним объективом, фокусирующим изображения на сетчатке.
У людей и других позвоночных сетчатка состоит не только из фоторецепторных клеток, но также из нескольких типов нейронов, которые начинают анализировать визуальное изображение. Благодаря таким постепенным шагам эволюционировали очень разные виды глаз, от простых чувствительных к свету органов до очень сложных систем зрения.
