Обе конструкции широко известны, но первая известна больше. И это не значит, что вторая избыточна и поэтому не имеет права на существование.
Словарь "Управление в русском языке" допускает обе формы:
НОМЕР — под номером, (офиц.) за номером. Дом под номером первым / под номером один / номер один; Приказ за номером первым / за номером один / номер один.
Из словарной статьи следует, что различия касаются, во-первых, функционально-стилистической принадлежности форм. Вариант с предлогом "за" имеет официально-деловую окраску, относится к канцелярским оборотам. Возможно, он уже устаревает. Но вряд ли исчезнет в обозримом будущем в силу консервативности самого речевого стиля.
Во-вторых, форма с предлогом "за" присоединяет к себе и порядковые числительные ("первый"), и количественные ("один"); с предлогом "под" - только количественные.
Кроме того, в языковой практике сложились и смысловые различия между этими формами.
"Под номером" означает отнесенность к определенному пункту в пронумерованном списке, например: "письмо под номером 12 в приложении к декларации", "вещественное доказательство под номером 3 в описи материалов уголовного дела".
"За номером" подразумевает присвоенный документу постоянный регистрационный знак. Он может включать не только цифры, но и другие знаки, служит обязательным реквизитом, а также ссылкой в тех случаях, когда документ является источником сведений. Например:
...законопроектом за номером 606596-7 предлагается ввести наказание в виде штрафа от 1 тысяч до 5 тысяч рублей... за распространение информации, «выражающей в неприличной форме явное неуважение» к обществу, государству и государственным символам, Конституции органам госвласти.
В любом случае, для обеих форм существует общая альтернатива - беспредложная форма. Например: "проект закона номер 335787-8", "приложение номер два к приказу", "задание номер четыре в сборнике упражнений".
