После нападения фашистской Германии на Советский Союз, буквально на второй день войны, Яков Иосифович - он имел звание старшего лейтенанта - пошёл на фронт - защищать свою Родину, над которой нависла смертельная опасность. Он был командиром 6-й батареи 14-го гаубичного артиллерийского полка 14-й бронетанковой дивизии 7 -го механизированного корпуса.
16 июля 1941 года Яков был захвачен немцами в плен под Лиозно близ Витебска (Белоруссия). 18 июля 1941 года Якова Джугашвили в концлагере близ Борисова допрашивал немецкий майор Хольгерс. Майор заявил: "Мы недалеко от Москвы". "Москвы вам никогда не взять!" - твёрдо заявил Яков Джугашвили. Вместе с Яковым в немецком плену оказался и приёмный сын Молотова - Г. Скрябин. Есть совместное фото, сделанное в немецком плену.
Второй допрос Якова происходил в штаб-квартире командующего группой армий "Центр" генерал- фельдмаршала Гюнтер фон Клюге. Допрос проводил профессиональный шпион капитан Штрикфельд. Немецкий капитан потом вспоминал:
"Хорошее, умное лицо со строгими грузинскими чертами. Держал себя выдержанно и корректно. Со своим отцом в последний раз перед уходом на фронт разговаривал по телефону. Компромисс между капитализмом и коммунизмом категорически отвергал. Не верил в окончательную победу немцев".
Якову было предложено написать письмо семье, выступить по радио, издать листовки. Яков отказался выступить по немецкому радио и подписать листовку к бойцам Красной Армии с призывом сдаваться в плен. Тем не менее осенью 1941 года, когда немецко-фашистские войска были под Москвой, они сбрасывали на позиции советских войск листовки с фотографией Якова Джугашвили - он был снят в солдатской гимнастёрке, без петлиц, худой и обросший.
Якова перевели в Берлин, передали в прямое распоряжение служб Геббельса, оставив надзор за гестапо, разместили в фешенебельном отеле Адлон", окружив бывшими грузинскими контрреволюционерами. Якову постоянно показывали фильмы о неудачах Красной Армии. Именно здесь родился снимок Якова Джугашвили с Георгием Скрябиным. Снимок сделан на фоне осеннего пейзажа, оба в пилотках, шинелях без ремней, руки в карманах. Снимок датирован 25 ноября 1941 года и был сопровождён текстом.
В марте 1945 года, как гласит донесение Берия Сталину, освобождённый из немецкого плена югославский генерал Стефанович сообщил:
"В лагере "ХС", город Любек, содержался старший лейтенант Джугашвили Яков, а также сын бывшего премьер-министра Франции Леона Блюма ... Джугашвили и Блюм содержались в одной камере. Джугашвили был уверен в победе СССР".
Яков снова твёрдо говорил:
"Немцы победы над Россией не одержат".
Через Ватикан были получены сведения о дальнейшей судьбе Якова Иосифовича Джугашвили. Он якобы, был вызван из концентрационного лагеря Заммельсбург к Герману Герингу. Это было после разгрома немецко-фашистских войск под Сталинградом. Геринг через председателя шведского Красного Креста Бернадотта предложил обменять Якова Джугашвили на Фельмаршала Паулюса. Когда Молотов доложил о возможности такого обмена Сталину, он ответил:
"Солдат на генералов не меняем".
Долорес Ибаррури - замечательная дочь испанского народа, революционер, - в своей книге пишет, что в 1942 году за линию фронта была послана специальная группа с целью вызволить из плена Якова из фашистского лагеря Заксенхаузен. Но операция закончилась неудачно - вся группа погибла.
Как ни пытались немцы сломить волю Якова, склонить к измене Родине, нажить на этом капитал, они ничего не добились. Несмотря на то, что Гитлер обещал оставить в живых Якова, палачи расправились с Яковым Джугашвили - он был застрелен 14 апреля 1943 года в Заксенхаузене и брошен на проволоку лагеря, находившуюся под высоким напряжением. Это видели заключённые. И один из них - бельгийский офицер, какой-то принц, написал письмо Сталину с соболезнованиями. Второй - это австралиец, после войны владелец небольшой газеты Кейс Хупер. Он тоже написал письмо в Советский Союз - хотел узнать жив ли Яков и помнить ли он австралийца.
Так погиб Яков Иосифович Джугашвили - старший лейтенант Красной Армии. После войны, 28 октября 1977 года он был награждён орденом Отечественной войны 1 - й степени. Яков был верным сыном Отечества. Он прожил короткую, но честную жизнь советского патриота.