Дата рождения музея Севастопольского краеведческого межшкольного музея — 18 декабря 1968 года. Место рождения — Детская туристско-экскурсионная станция, которая находилась тогда в самом центре города в здании бывшей женской гимназии на улице Суворова, в доме № 20.
Первым директором станции была Зоя Васильевна Холоднова. Фонды будущего музея формировались постепенно. Сотрудники станции и юные краеведы приносили свои находки из походов. Это были образцы горных пород, гербарии, минералы, раковины. Склад сувениров в музейную экспозицию сумел превратить методист станции Евгений Никандрович Овен. Требовался незаурядный талант и вдохновение для художественного оформления экспозиции. Эту заботу взвалил на свои плечи Виталий Максимович Ногин. В 1981 году музей получил высокое звание Народного. Тогда он занимал весь третий этаж станции площадью в 5000 кв. метров. С работой музея приезжали знакомиться специалисты со всего Советского Союза.
В 2002 году музей выселили из здания по ул. Суворова, 20. Вместе со всей станцией туризма. Украинские власти вытеснили детей на другой конец Ленинского района. Новый адрес — улица Николая Музыки. Переезд хуже пожара. Но музей вновь готов принимать гостей. А посетили музей более четверти миллиона ребят.
Межшкольный краеведческий музей имени Е.Н. Овена признан лучшим естественнонаучным школьным музеем РФ. Сертификат об этом был вручен музею 20 марта 2015 года в Москве.
В день 50-летнего юбилея в залах музея собрались многие неравнодушные люди, готовые и впредь помогать развитию музея.
