В письме от 27 марта 2018 г. N 03-07-11/19048 Минфин напомнил, что "упрощенцы" не признаются плательщиками НДС, за исключением НДС, подлежащего уплате при импорте или в соответствии со статьями 161 и 174.1 НК.
Организации, применяющие УСН, при реализации товаров (работ, услуг) счета-фактуры составлять не должны. Однако если счет-фактура все же выставлен, и в нем выделена сумма НДС, эти суммы налога подлежат уплате в бюджет в полном объеме.