Общее правило такое: с предоплаты, полученной в 2018 году, продавец должен исчислить НДС по ставке 18/118. При отгрузке в новом году нужно будет применить ставку 20%, а к вычету можно принять налог по ставке 18/118.
Подробно о том, как заполнять счета-фактуры по договорам, переходящим на 2019 год, как исправлять ошибки, а также о важных изменениях по возврату товара - в обзоре КонсультантПлюс "НДС 20%: налоговики выпустили рекомендации по переходу на новую ставку".
Найти обзор в системе можно по запросу "ндс 20% рекомендации".
Перейти в обзор "НДС 20%: налоговики выпустили рекомендации по переходу на новую ставку" в системе КонсультантПлюс.