После завершения Тринадцатилетней войны Трансильвания была всеми признана княжеством - вассалом Османской империи. При этом князем (по-венгерски Erdély fejedelme; по-немецки Fürst von Siebenbürgen; по-латински princeps Transsylvaniae; на славянских языках - князь Семиградья) стал Стефан (Иштван) Бочкаи.
Впрочем, княжеская власть была не наследственной, а выборной, как у королей Речи Посполитой. Трансильвания вообще была тесно связана с Польшей со времен короля Стефана Батори. Зато пределы княжества были расширены на севере (Хуст) и западе (Варадин и Арад).
Османская империя на полвека погрязла в борьбе с повстанцами и разбойниками в Анатолии (до 1658), с Сефевидами на восточных границах (до 1640), затем с Венецией на Средиземном море (1645-69), и в это время она мало вмешивалась в дела на северных окраинах, что давало князьям Эрделя определенную свободу рук.
Сам Бочкаи торжествовал недолго - уже 29 декабря он умер в Кашши (ныне Кошице в Словакии), где как раз созвал Земское Собрание. Его гайдуки обвинили в отравлении канцлера княжества, Балинта Другета, которого убили на кошицком рынке среди бела дня 12 января 1607 г.
В феврале Собрание в Кашши избрало князем Сигизмунда (Жигмонта) Ракоци, но это вызвало недовольство Порты, и уже через год, в марте 1608 г. выступление гайдуков привело к смене его на Габриэля (Габора) Батори, представителя боковой ветви этого знатного рода. Однако он неправильно истолковал благосклонность Османской империи и попытался без разрешения султана занять престол Валахии.
Осенью 1610 г. он временно захватил Тырговиште и Бухарест, но уже в 1611 г. был разбит Раду Шербаном под Брашовым, а в 1613 г. в Эрдель вторглось османо-валахо-молдавское войско во главе с новыми воеводами Валахии (Раду Михня) и Молдовы (Штефан Томша). К ним присоединился мадьярский магнат из комита Хуньяд (Хунедоара), родных мест Яноша Хуньяди и Матиаша Корвина - Габриэль (Габор) Бетлен (1580-1629).
В октябре один Габор - Батори был убит своими офицерами в Варадине (Орадеа), а другой - Бетлен, избран князем на Собрании в Коложваре (Клуж-Напока). Именно он стал первым из великих князей, превративших Семиградье в важный фактор центральноевропейской политики.
Несмотря на то, что в 1615 г. император Матиас I Габсбург признал его князем Трансильвании, Бетлен в 1618 г. поддержал чешских гуситов, восставших против власти Габсбургов и выбравших королем Чехии курфюрста Рудольфа Пфальцского. В ноябре 1619 г. войско трансильванских венгерских кальвинистов взяло Кашши и под Пожонью (Братиславой) соединилось с армией чешского генерала Индржиха Турна. Однако прогабсбургский мятеж Другетов, получивших польские войска и деньги, заставил его отступить.
25 августа 1620 г. на Собрании в Бестерцебанье (Банска Бистрица в Словакии) венгерская знать избрала Бетлена королем под именем Габриэля I, однако разгром чехов и их пфальцских союзников на Белой Горе 8 ноября 1620 г. укрепил позиции Габсбургов и католиков. 31 декабря 1621 г. князь Габор подписал договор с кайзером Фердинандом II Габсбургом в Никольсбурге (ныне Микульчев в Чехии). Он отказывался от притязаний на венгерскую и тем более чешскую корону, но получил во владение Кашши (Кошице), Унгвар (Ужгород), Мункач (Мукачево), Сатмар (Сату-Маре) и Токай.
В 1623-24 гг. Бетлен снова воевал с Габсбургами, разбив в мае 1624 г. у Годонина (в Моравии, ныне ) самого Валленштейна. Однако поражения протестантов в Германии заставили Трансильванию заключить соглашение в Вене, в соответствии с которым должен был быть произведен обмен территориями.
Но в 1626 г. Габор Бетлен вступил в союз с Евангелической Унией (германских лютеранских князей) и её покровителями - королем Дании Кристианом IV и штатгальтером Голландии Фредериком-Генрихом Оранским. В августе он женился на Екатерине фон Гогенцоллерн (1602-1644), дочери маркграфа Иоганна Сигизмунда Бранденбургского, одного из столпов Евангелической Унии, и снова начал войну с католиками.
30 сентября Бетлен опять нанес поражение Валленштейну у Драгейнпаланка в Нижней Австрии, но уже 20 декабря 1626 г. заключил мир в Пожони, который возобновил условия Никольсбургского договора. Однако князь Габор не смирился и сразу начал переговоры с королем Швеции Густавом Адольфом II и воеводой Молдовы Мироном Мовилэ. Он пытался даже заключить соглашение с московским царем Михаилом Федоровичем, но Москва традиционно ориентировалась на союз с Габсбургами против Османов, и к тому же не доверяла Швеции, да еще и в 1623 г. царь Михаил неудачно сватался к Екатерине фон Гогенцоллерн. Но 15 ноября 1629 г. неутомимый князь умер в Дьюлафехерваре (Альба-Юлии), так и не дождавшись высадки шведской армии в Германии (летом 1630 г.).
Первоначально князю наследовала его вдова Екатерина, но её симпатии к католицизму и роман с вождем габсбургской партии графом Иштваном Чака привел к тому, что уже в 1630 г. сейм в Медиаше отправил её в изгнание. Князем стал Георг I (Дьердь) Ракоци (1593-1648), который сумел удержать Трансильванию от разорения в ходе Тридцатилетней войны и тем превратил её в относительно могущественную силу. В 1645 г. он заключил в Линце договор с кайзером Фердинадом III Габсбургом, гарантировавший права протестантов в Венгрии.
Будучи сам кальвинистом, князь Дьердь проявлял благожелательность к православию румын в Трансильвании и русин в Подкарпатье и Марамуреше. Относительные мир, веротерпимость и защита прав пастухов способствовали переселениям в его владения влахов из-за Дуная и русинов с Северных Карпат (особенно после заключения Ужгородской унии в 1646 г., после которой русинов во владениях Габсбургов стали принуждать к переходу в греко-католицизм). Видимо, примерно в середине XVII в. православное романофонное население превысило по численности в Трансильвании протестантское мадьяроязычное. Впрочем, для сословного общества это не имело большого значения, поскольку поскольку политическое представительство в Земском Собрании Семиградья по прежнему имели только Три Нации - мадьярское дворянство, секейские вожди и саксонский городской патрициат.
Авторитет Георга I был настолько высок, что Земское Собрание единодушно после его смерти избрало князем его сына Георга II (Дьердя, славяне называли его Юрием) Ракоци. Первоначально он продолжал курс отца на внутреннее укрепление Эрделя. В 1651 г. он пригласил великого реформатора педагогики, чешского ученого Яна Аммоса Коменского (1592-1670) для того, чтоб возглавить основанную им школу в Шарошпатаке под Мишкольцем.
Дьердь проявил большой интерес к восточному направлению. Он поддерживал воеводу Молдовы (1634-1653) Василие Лупу, и во время экспедиции Тимофея Хмельницкого (который взял в жены дочь Василие-воеводы Роксандру Лупу) в Молдову в 1652 г. вступил в сношения с гетманом Богданом Хмельницким, что положило начало сотрудничеству Семиградья и Гетманщины.
В 1656 г. Швеция, Трансильвания и Гетманщина даже заключили союз. 7 сентября Дьердь Ракоци заключил договор о вечной дружбе с Богданом Хмельницким и начал переговоры со шведами. Это мобилизовало Габсбургов на поддержку польского короля Яна II Казимира. Они опасались, что Ракоци, вассал Порты, может попытаться объединить под своей (и соответственно, султанской) властью всю Венгрию. В результате император Фердинанд III 1 декабря заключил союз с Речью Посполитой. 6 декабря Ракоци подписал со шведами договор в Радноте (ныне в Румынии), согласно которому должен был состояться раздел Речи Посполитой, а Ракоци доставались Мазовия и Малопольша с прибыльными месторождениями соли.
В конце января 1657 г. трансильванское войско в 25 тыс. человек двинулось через Карпаты на Львов. Соединившись в Медыке с примерно 8 тыс. казаков под командованием полковника Антона Ждановича, он после столкновения с небольшим отрядом польного гетмана Станислава Реверы Потоцкого двинулся к Кракову, сжигая и разграбляя по пути селения и местечки. 21 марта Юрий Ракоци захватил Тарнув и во главе 5 тыс. солдат 28 марта достиг Кракова, где усилил шведский гарнизон из 2500 солдат под командованием Яноша Бетлена. Затем он направился на север и 11 апреля соединился со шведскими войсками под командованием короля Карла X Густава в Модлибожицах. Объединённые силы переправились через Вислу у Завихоста и 19 апреля захватили Люблин, и войска Ракоци начали кровавый рейд по окрестностям. Около 20 мая Карл Густав узнал, что датский король готовится к войне с ним, поэтому отступил в Померанию, оставив командование генералу Густаву Стенбоку, с корпусом которого Ракоци двинулся на запад, к Варшаве, полностью опустошая Подлясье. Вместе со шведами он взял Варшаву 17 июня после трёхдневной осады.
22 июня 1657 г., шведские войска Стенбока последовали за Карлом Густавом в Померанию, к Штеттину (ныне Щецин в Польше). Ракоци осознал, что гайдуки и казаки малоэффективны в регулярном бою, и они начали быстро отступать на юго-восток, тем более что по приказу короля Яна II Казимира его преследовал 10-тыс. польский кавалерийский корпус под командованием Стефана Чарнецкого, который, отказавшись от преследования шведских войск, соединился в Ченстохове с литовской кавалерией полковника Александра Гилария Полубинского и союзными австрийскими войсками. Более того, до Ракоци дошли вести, что коронный гетман Ежи Любомирский, нетерпеливо ожидавший вторжения союзных крымских татар в Трансильванию, ответил на вторжение Ракоци и безжалостно грабил Трансильванию. 7-8 июля в Ланьцуте было решено, что Чарнецкий выступит непосредственно в тыл Ракоци, а Любомирский и Потоцкий отрежут венграм и казакам пути к границе. 11 июля войска Чарнецкого догнали Ракоци и разбили его армию в битве при Магерове, захватив 2000 повозок с добычей. Затем они догнали остатки его отступающих войск при переправе через реку Пельтев. Соединившись с гетманами 16 июля, польские войска настигли его в Подолии и 20 июля разгромили в битве при Чёрном острове.
После бегства казаков Антона Ждановича в Винницу, Дьердь Ракоци бросил обоз и отступил с остатками войск в Мендзыбоже, сдавшись князю Ежи Любомирскому 23 июля. По условиям договора Ракоци разорвал союз со Швецией, согласился оставить Краков и Брест-Литовск и выплатить Речи Посполитой военные репарации в размере 1,2 млн. злотых. В дополнение к этой сумме он согласился выплатить 1 млн. злотых солдатам польской армии и 2 млн. злотых их командирам. Поляки позволили ему отступить в Трансильванию, но 26 июля в предгорьях Карпат он столкнулся с крымскими татарами, союзными Речи Посполитой. Ракоци бросил свои войска, оставив командовать полковника Яноша Кемени. В ходе непрерывных боёв венгры обосновались в укреплённом лагере в Вишнёвчике близ Теребовли, но 31 июля татары захватили лагерь. 500 венгров были убиты, а 11 000 венгров и румын попали в плен. Таким образом, трансильванская армия прекратила своё существование. 4 августа 1657 г. венгерский гарнизон в Кракове получил приказ от Ракоци, предписывающий полковнику Яношу Бетлену сдать Краков.
Вскоре после этого турки лишили Ракоци его влияния в Молдавии. С подачи Порты князьями Эрделя избирались Франциск (Ференц) Редеи в 1657 г. и Акош Барчаи в 1658 г. Ракоци пытался вернуть трон, вступив в союз с молдавским воеводой Михней III (1658-59) и претендентом на валашские воеводство Константином Шербаном (был господарем в 1654-58). Князь Дьердь II погиб, сражаясь за трансильванский престол с турецко-татарскими войсками в битве при Дьялу (Флорешти), получив тяжёлое ранение 2 июня 1660 г.
Так закончилась пора великих князей, которые сумели оказаться в центре большой европейской политики, но не оценили скромных сил Трансильвании, в которой тогда не было и миллиона жителей.
После краткого правления Яноша Кемени, одного из генералов Ракоци, в 1662 г. князем стал Михай Апафи. Он возглавил княжество благодаря туркам и с их помощью смог сохранить трон. Апафи был замкнутым человеком, предпочитавшим читать и возиться с механизмами, но, став князем, посвятил всю свою энергию сохранению относительной независимости Эрделя.
Он был лишь внешне протурецки настроенным, хотя и участвовал в нескольких военных кампаниях против Габсбургов по необходимости (1663-64, 1679, 1683). Во врем кампании 1664 г. он уже готовился объединится с Габсбургами ради освобождение Венгрии, но Вашварский мир августа 1664 г. показал, что ни император, ни султан не заботятся об интересах Трансильвании. Туркам было позволено сохранить свои прежние завоевания, а взамен Леопольд получил графства Сабольч и Сатмар, входившие тогда в состав Трансильвании со времен Габора Бетлена. Султан и кайзер также договорились не поддерживать в будущем новых кандидатов на княжеский престол и врагов друг друга.
Во время кампании 1683 года Апафи повёл 5 тыс. конных гайдуков на осаду Вены, но умело уклонился от прямого боя, и великий визирь приказал ему охранять мосты Раабы. Осада провалилась, и весной 1684 г. была создана Священная лига, конечной целью которой было изгнание турок из Европы. Апафи, опираясь на польского короля Яна II Собесского и французского Людовика XIV, стремился к сохранению независимой Трансильвании с помощью протестантских держав (Англии, Голландии, Бранденбурга). Однако это противоречило интересам Вены, и после взятия Буды в мае 1686 г. император Леопольд решил, что Трансильвания - отличная база снабжения для имперских войск. Именно в этом и заключалась цель диплома Галлера, подписанного 28 июня 1686 г. Апафи отрекался от султанского подданства, отказывался от самостоятельной внешней политики, но сохранял независимость во внутренних делах. В то же время он передал Трансильванию под покровительство Леопольда, но взамен Габсбург признал право его сына на наследование.
С дипломом Галлера на руках Михай Апафи отклонил предложение Имре Тёкёли о союзе, хотя армия бывшего верхневенгерского князя, поддерживаемая турками, всё ещё была значительной, и, дополненная войсками эрдельских мадьяр и секеев, возможно, могла бы защитить Трансильванию от имперских сил. В соответствии с грамотой Галлера, по которой 1/6 часть императорской армии выделялась на оборону Трансильвании, австрийские войска хотели провести зиму в Трансильвании, чему Апафи воспрепятствовал, подкупив полковника Ветерани и генерала Караффу, и снабжая армию продовольствием.
После победы при Надьхаршани в 1687 г. принц Карл Лотарингский снова вступил в Трансильванию на основании грамоты Галлера и захватил Коложвар. Апафи, был вынужден подписать Балажфальвский договор, по которому он обязывался обеспечить имперские войска продовольствием и выплатить 700 тыс. рейнских форинтов. Для выполнения договора пришлось ввести чрезвычайные налоги и увеличить все налоги, что ещё больше ухудшило его репутацию в Трансильвании.
Однако в Вене договор был объявлен недействительным, и Караффа, этот новый Баста, стал новым главнокомандующим. Под его давлением 9 мая 1688 г. Земское Собрание приняло Фэгэрашскую декларацию, которая провозгласила отделение Трансильвании от Порты и её подчинение императору Леопольду I. После смерти жены в августе 1688 г. Апафи перенёс нервный срыв и, как писали современники, «впал в меланхолию». Он умер, простудившись на охоте,15 апреля 1690 г. в горных лесах Фэгэраша.
Трансильвания стала владением Габсбургов. После смерти князя Михая кайзер Леопольд назначил регентский совет при его номинальном преемнике, Михае II Апафи, и 16 октября 1690 г. издал Diploma Leopoldinum, который подчинил Трансильванию напрямую правительству в Вене в качестве отдельной от Венгерского королевства провинции, оставив вопрос о личности князя открытым.
Младший Апафи был доставлен в Вену в 1696 г. вместе со своей женой, Катой Бетлен, на том основании, что князь не просил разрешения на брак. Интернирование было запланировано до окончания войн с французами (1689-1697) и турками. Михай II Апафи официально отрёкся от княжества в 1701 г., после того как текст Карловацкого мира 1699 г. не включал ничего, что регулировало бы политический статус Трансильвании, и, таким образом, его надежды на возвращение были потеряны. Взамен он получил титул императорского принца и ренту до своей смерти 1 февраля 1713 г.
23 ноября 1942 г. прах обоих Михаев Апафи - отца из родового поместья в Альмакереке (Мэлэнкраве) и сына из Вены был перенесен в реформатскую церковь на улице Фаркаш в Клуж-Напоке.