Чубарая масть определяется доминантнымгеном, который обозначается Lp (иногда LP) — от англ. «leopard» — «леопардовый».
Известно, что большое количество темных пятнышек на белом фоне имеют только гетерозиготные особи (Lplp), а особи гомозиготные (LpLp) таких пятнышек не имеют или имеют их очень мало. Таким образом, варианты чубарой масти типа «чепрак» и леопардовая являются гетерозиготными, а «белый чепрак» и леопардовая малопятнистая — гомозиготными.
Но помимо факта наличия цветных пятнышек есть ещё и размер белого «чепрака» на корпусе лошади. Иногда он ограничивается проседью на крупе, иногда вообще отсутствует, иногда захватывает все тело. До сих пор неизвестно, что определяет его размер, но, скорее всего, речь идет о каком-то другом гене, механизм наследования которого ещё не изучен.
Гены, определяющие развитие чубарой масти, относятся к генам-модификаторам. В США их называют «леопардовым комплексом» — Leopard complex.
Чубарой масти иногда сопутствуют жидкие грива и хвост, однако встречается немало чубарых лошадей с нормальной гривой и хвостом, так что связь между генами чубарой масти и жидкими гривой и хвостом представляется ученым сомнительной.
