Раньше всё было очень просто. Покрытосеменные, как отдел (аналог типа у животных) высших растений, были вершиной их эволюции. У них было два класса: Однодольные и Двудольные и множество порядков (аналог "животных" отрядов) и семейств. Последние исследования разрушили стройную систему систематики растительных организмов даже больше, чем у организмов животных. Все эти последние исследования даже царство Растения не только поставили под сомнение, но и практически разрушили. Растения изначально кем были? Одноклеточными и многоклеточными организмами, которым свойственен фотосинтез и прочная клеточная стенка из целлюлозы или подобных ей соединений.
Внезапно оказалось, что эти организмы настолько малородственны друг другу, что даже не могут претендовать на вхождение в одно Царство. В итоге Царство Растения сначала разделились на Хромист и "настоящих" Растений. К Хромистам (это явно полифилетическая группа) были отнесены махом все одноклеточные и многоклеточные водоросли, за исключением Зелёных и Харовых. Затем оказалось, что Харовые водоросли не имеют отношения к современным растениям, да и Зелёные, собственно, тоже. Да, они объединяются в родственную группу Археопластид вместе с багрянками и "настоящими" растениями. Но оказалось, что разные группы Археопластид по всем исследованиям менее родственны друг другу, чем животные и грибы между собой.
Что это значит? То, что предки большинства представителей разных отделов Царства Растения разделились между собой чуть ли не раньше, чем сами Растения отделились от Животных и Грибов. Бред, конечно, но генетические исследования и метод молекулярных часов именно на это и указывает. В итоге, в "скучном миллиарде" возникает явный бардак, когда из любой ветви эукариотов может выйти любая ветвь многоклеточных эукариотов. И плевать, собственно, какая у клеток клеточная стенка, и какое у клеток внутренне строение.
Как итог, сейчас в Царство Растения включены только многоклеточные организмы. Отделы (типы) в систематике фактически ликвидированы. Фактически ликвидированы и классы. Основой систематики Растений сейчас являются порядки (отряды), которые объединяются в клады разного уровня, без придания им статуса таксонов. Так что теперь Покрытосеменные - это вовсе не отдел, а клада (возможно, что даже полифилетическая) сосудистых растений, у которых образуются особые генеративные органы - цветки и плоды. С классами Покрытосеменных вообще интересно выходит. Однодольные - это молодцы!. Они практически полностью подтверждают свою "особость" и по строению, и по генетике.
С Двудольными всё гораздо хуже. По идее, Двудольные растения имеют две семядоли в семени, а также значительные отличия по внешнему и внутреннему строению. На самом деле у Двудольных растений может в семени быть одна, две, три, четыре и даже пять семядолей. Оказалось, что Однодольные и Двудольные Покрытосеменные разошлись между собой ещё в конце юрского периода. При этом "мир динозавров" изменяли именно Однодольные, которые смогли создать степи, прерии и пампасы. Генетические исследования выявили, что у Однодольных и большей части Двудольных были разные предки.
Как итог, высшим таксоном в систематике растений теперь является порядок (отряд у животных). Всё, что выше - это клада.