Академиком И.Губкин предположил, что оно осталось с Девонского периода, нижние слои - соленые, как в Мертвом море, средние – минеральные, а выше – пресная вода.
А вот на вопрос, как могло образоваться это подземное море с разной степенью солености на разных горизонтах геология не дает доказательной модели.
Если и было когда-то море на Среднерусской равнине, то при стремительном накоплении осадочных пород (от извержение вулканов, например) – оно превратилось бы минимум в болото или вообще перестало бы существовать.
Возможно, подземное море образовалось вследствие тектонических процессов, которые могли привести к изоляции части воды на глубине.
Также возможно, что это море связано с артезианскими водами и происходит некоторое перемешивание разных типов вод при их движении через породы на разных глубинах.
Но точный механизм образования и происхождения этого подземного моря до сих пор остается загадкой для ученых.