Скельская пещера была открыта в 1904 году Ф. Кирилловым, учителем истории из села Скеля (Родниковское). Была детально исследована карстовой экспедицией в 1960 году. Пещера образована вследствие тектонического разлома и имеет общую протяжённость 670 м. На верхних этажах пещеры большое количество натёчных образований. Высота залов достигает 25 метров. Была оборудована для посещения в 2003 году.
Расположена на южном склоне Ай-Петринского массива, отделяющего Скельскую котловину от Байдарской. Вход представляет собой 30-метровый крутонаклонный сифонный канал, образованный при раскрытии тектонического нарушения. Нижняя часть полости почти на 60 метров заполнена большими глыбами и обломками породы в которой имеется несколько узких проходов, выводящих в её верхнюю часть. Она состоит из нескольких разделённых залов. Узкие ходы выводят в трещинно-сифонную систему, располагающуюся под Скельской котловиной.
Пещера заложена в толстослойных верхнеюрских известняках. В межень уровень воды в ней устанавливается на глубине 45 м от входа. В пещере известно несколько озёр глубиной до 30 м. В паводок уровень воды повышается, а во время весенних ливней и таяния снега происходит выход воды из пещеры. В верхней части имеются богатые натёчные отложения (колонны), в нижней и средней частях — водные механические отложения (галька, песок, глина). В пещере обнаружена богатая спелеофауна.
Средняя температура составляет 13 °C, относительная влажность близка к 100 %. Пещера была оборудована в 2003 году ялтинскими спелеологами под руководством горноспасателя и спелеолога Сергея Ковальчука. В настоящее время Скельская пещера — популярный экскурсионный объект, где можно ознакомится с её богатым миром сталактитов, сталагмитов и сталагнатов.
На протяжении 50-минутной экскурсии маршрут проходит вблизи сталагмитов «Птица феникс», «Рыцарь», и множества других нерукотворных сказочных персонажей. Пещера имеет оборудованный маршрут длиной 270 метров, идущий вглубь горы и включающий в себя 5 залов: Каминный, Дельфиний, Рыцарский, Органный и Зал Привидений.
В необорудованных для экскурсий частях пещеры спелеологи продолжают проводить исследования. В 2011 году спелеолог из Киева Олег Климчук совершил здесь самое глубокое пещерное погружение в Украине и достиг глубины 56 м.