Завод был основан 26 мая 1856 года как частное предприятие петербургского купца 1-й гильдии Матвея Егоровича Карра и инженера-судостроителя Марка Львовича Макферсона, в качестве совместного корабельного, литейного, механического и судостроительного завода на юго-западном побережье Васильевского острова. В 1860 году ими был приобретен участок за Кожевенной линией, где построена железопрокатная мастерская, а на берегу построен эллинг. Предприятие получило название «Балтийский литейный, механический и строительный завод в Чекушах» или «Балтийский железоделательный и механический завод Карра и Макферсона». К 1873 году на заводе были выпущены 20 буксиров, несколько пассажирских пароходов, две паровые яхты и свыше десяти крупных судов по заказу Морского министерства, однако из-за многочисленных долгов компаньонам пришлось продать завод.
В 1894 году завод поступил в собственность Морского министерства
К этому моменту завод имел 4 стапеля для постройки судов и был оборудован всеми мастерскими для постройки котлов, машин и внутреннего устройства судов. Один из стапелей — самый большой в России (длиной 167,5, шириной 33 метра).
Корабли, спущенные со стапелей Балтийского завода, принимали непосредственное участие в Русско-японской войне и Первой мировой войне. Во время русско-японской войны завод отрядил в Порт-Артур отряд рабочих, которые во время боевых действий занимались ремонтом поврежденных японцами судов. В 1901 году Николай Кутейников участвует в постройке опытного образца подводной лодки «Пётр Кошка». В начале XX века на заводе начинается серийное производство подводных лодок. В 1906 году на заводе был создан «Отдел подводного плавания», или сокращённо «Отдел Подплава», во главе с Иваном Бубновым. В состав отдела Подплава входили: техническое бюро, мастера строители и мастерские по сборке подводных лодок. Отдел Подплава занимался строительством и ремонтом подводных лодок и просуществовал до 1924 года.
Балтийский завод периода СССР
После революции отечественное судостроение испытывало серьёзный кризис. Ситуация достигла своего предела в начале 1920-х, когда под юрисдикцию Балтийского завода были переданы Адмиралтейские верфи. С 1921 и до конца 1925 года это отделение стало отдельным предприятием под названием «Судостроительный завод имени Андре Марти».
В 1926 году распоряжением директора завода № 19962/А от 01.11.1926 было создано новое Техническое бюро № 4, которое занималось проектированием и строительством советских дизельных подводных лодок. В связи с неудачами, связанными с проектированием первой советской подводной лодки «Декабрист»
1 апреля 1938 года ЦКБ-18 (ЦКБ МТ «Рубин») получило полную хозяйственную самостоятельность со своим уставом производственного предприятия с подчинением II-му Главному Управлению НКОП. Первым начальником ЦКБ-18 стал Г. В. Орлов. Именно с 1 апреля 1938 года юридически было оформлено рождение новой самостоятельной организации ЦКБ-18 (ЦКБ МТ «Рубин»), которая занималась полным циклом проектирования дизель-электрических подводных лодок. До 1938 года в Императорской России и Советском Союзе не было юридически самостоятельных проектных организаций по подводным лодкам.
На заводе впервые была использована технология радиационного контроля: в 1933 году автор метода Лев Мысовский использовал свой γ-дефектоскоп для выявления дефектов литья в толстых металлических плитах к печам «Мигге-Перроя».
В 1934 году Балтийскому заводу было присвоено имя Серго Орджоникидзе, а с декабря 1936 года переименован в завод № 189 им. Орджоникидзе (ССЗ №189) Наркомата судостроительной промышленности СССР.
В годы Великой Отечественной войны в условиях блокады Ленинграда завод превратился в главную ремонтную базу Балтийского флота, несмотря на гибель от голода и обстрелов сотен его работников. В 1941 году 614 человек из сотрудников завода были эвакуированы на другие предприятия. На территории завода были организованы цеха по изготовлению авиабомб, артиллерийских снарядов и бронемобилей. Во время войны на заводе строились баржи для снабжения окружённого Ленинграда через Ладогу по Дороге Жизни. Кроме этого завод построил 20 малых тральщиков типа МТ-1 и 17 тральщиков типа МТ-2.
Из рабочих, инженерно-технических работников и служащих Балтийского завода были образованы пять воинских подразделений:
3-й стрелковый полк 2-й Свердловской дивизии ЛАНО;
274-й отдельный пулеметно-артиллерийский батальон (ОПАБ) (командир А. С. Медведников, комиссар Л. С. Волчегорский);
5-й Ленинградский партизанский полк (командир К. Н. Волович, комиссар Н. В. Сенкевич);
истребительный батальон (командир П. И. Фофанский) ;
партизанский отряд (командир А. А. Кузнецов, комиссар Б. С. Кравчевский).
12 мая 1956 года, в связи со 100-летием и отмечая заслуги завода в развитии отечественного судостроения, Президиум Верховного Совета СССР наградил предприятие орденом Трудового Красного Знамени.
В послевоенные годы завод начинает осваивать гражданское судостроение, со стапелей сходят танкеры, сухогрузы, рефрижераторы, научно-исследовательские суда и ледоколы. Полтора столетия завод строит технически сложные и уникальные для своего времени суда и военные корабли. В 1959 — 1963 годах на Балтийском заводе была выпущена серия крупнотонажных танкеров проекта 573: «Пекин», «Варшава», «Будапешт», «Прага», «Бухарест», «Улан-Батор», «Ургут». Размеры судов достигали 202,8 метра в длину, полное водоизмещение 40150 тонн, масса полезной нагрузки: 30900 тонн. В 1967 году на заводе переоборудуется научно-исследовательское судно «Космонавт Владимир Комаров», а в 1971 году — «Космонавт Юрий Гагарин». В 1977 году атомоход Арктика достигает Северного Полюса.
