Более менее разобравшись с военными делами Цезарь окунулся в гражданские. В первую очередь обязал всех должников, большая часть которых из-за гражданской войны забыла о своих обязательствах возвращать проценты с долга.
Но военные дела требовали своего. В Брундизии собрались 11 его легионов со вспомогательными частями. А кораблей для перевозки было всего на 15 тысяч легионеров и 6000 всадников. К тому же многие легионеры страдали от болезней и необходимо было провести демобилизацию пенсионеров.
- В это время, Помпей не тратил времени - собрал армию из 9 легионов, продовольствие и казну, построил корабли.
В январе 48 года Цезарь посадил часть своих легионеров без имущества на корабли (так уместив их всех) и высадился в Эпире. Но при возвращении помпеянец Бибул разбил флот Цезаря. Тому грозило остаться без припасов на вражеской территории.
Цезарь оказавшись в трудном положении начал искать мира с Помпеем. При этом ему подчинились все полисы Эпира. Так что у него появилась продовольственная и мобилизационная база.
Лояльность местного населения позволила Цезарю не допускать флот Бибула к берегам для пополнения продовольствия и воды. Получилось так, что флот Бибула не давал части сил Цезаря высадиться на берег Греции, и при этом сами также не могли этого сделать.
В Италии в это время подавили выступление гладиаторов и рабов, которое инициировали агенты Помпея из сенаторов. Надежда того на крупномасштабную партизанскую войну не оправдалась.
Наконец 10 апреля на берег Греции высадились четыре легиона подкрепления, которые привез Марк Антоний. Ему удалось не только благополучно пройти мимо вражеских кораблей и но благодаря удачному ветру 16 их них разбились о скалы. Цезарианцы сняли моряков со скал, пощадили и отпустили.
Наконец силы Цезаря и Помпея встретились у Диррахия (совр. албанский Дуррес). Там сосредоточены все продовольственные склады Помпея и его осадные орудия.
Оба войска понастроили укреплений и начали "позиционную войну" по образцу Первой мировой войны.
Обе стороны регулярно совершали вылазки друг против друга, чем наносили большие потери. Но Цезарь был в лучшем положении так как на его стороне были поля, которые служили фуражом для конницы. А вот Помпей такой возможностью не обладал и его конница ослабела.
Но все-таки помпеянцы заметив как-то брешь в укреплениях Цезаря атаковали его лагерь. Удачно! Цезарю пришлось отойти.
А вскоре выслав вначале обоз, за ним один легион Цезарь внезапно увел свои легионы из под Диррахия. Помпеянцы так как он была налегке, а они потеряли бдительность не успели организовать погоню.
Зато немного позже Цезарь нанес поражение Помпею при Фарсале.
Вдобавок к этому поражению Помпея его флот разгромлен цезарианцами. Тогда Помпей удалился в Египет, где его приняли местные цари Птолемей и Клеопатра. Постелили мягко, но спать пришлось жестко - его убил их военачальник Ахилл.
Прибыв в поисках Помпея в Египет Цезарь встает перед выбором между Клеопатрой и её братом Птолемеем. Оба зарятся на трон. Однако, вскоре убийца Помпея Ахилл поднял против всех войско. Легионы Цезаря вступили с ним в городское сражение в Александрии.
Цезарь смог отстоять часть города, и уничтожить египетский флот. Затем высадил легионеров на острове Фарос, через который шло снабжение города.