В конце 1937г. начале 1938г. был создан Государственный арбитраж в Краснодарском крае.
Днем рождения Арбитражного суда Краснодарского края считается 11 июня 1992г. – день подписания Председателем Верховного Совета Российской Федерации Р.И. Хасбулатовым Постановления № 2957-1 «Об избрании Краснодарского краевого арбитражного суда».
Свою работу Арбитражный суд Краснодарского края начинал в составе 17 судей, которые делились на три судебные коллегии: административную, гражданскую и апелляционную. Разделение на судебные составы появилось чуть позже, в 1994 году. Даже несмотря на появление судебных составов, у судей не было четкой специализации, и один судья мог заниматься разными категориями споров.
В связи с постоянным экономическим развитием региона, с самого начала судьи Арбитражного суда Краснодарского края рассматривали около двух десятков дел в месяц. В своей работе судьи рассчитывали только на специалистов, которые порой помогали не одному, а сразу двум и более судьям и вплоть до 2002 года аппарат суда не предусматривал наличие судебных групп: помощников и секретарей.
За четверть века своего существования, во главе краевого арбитража сменилось четыре председателя.
Первым председателем Арбитражного суда Краснодарского края в 1992 – 2001 годах являлся Заслуженный юрист России Журавский Альберт Константинович.
В период с 2003 года по 2009 год Арбитражный суд Краснодарского края возглавлял кандидат юридических наук Григорий Анатольевич Мантул.
С января 2010 года по декабрь 2015 года Арбитражный суд Краснодарского края действовал под руководством кандидата юридических наук, заслуженного юриста Российской Федерации, почетного работника судебной системы Российской Федерации Владимира Александровича Белова.
С октября 2016 года председателем Арбитражного суда Краснодарского края является Заслуженный юрист Кубани Алексей Евгеньевич Егоров.
В 2017 году Арбитражный суд Краснодарского края занял первое в своей истории автономное здание площадью порядка 21 000 кв.м.