В 1990 году в составе ядерно-физической лаборатории отдела ядерной безопасности, а затем (в 1992 году) в составе отдела радиационных технологий на ЛАЭС были развернуты работы по накоплению изотопов медицинского и общетехнического назначения, по нейтронному легированию кремния, по радиационной модификации минералов (включая драгоценные и полудрагоценные камни), по обработке различных материалов в полях гамма-излучения отработавшего топлива.
С тех пор ЛАЭС поставляет в клиники Санкт-Петербурга и Ленобласти медицинские изотопы для диагностики и лечения различных заболеваний.
Радиационные технологии, разработанные на Ленинградской атомной станции 90-х годах, уже тогда называли технологиями 21 века.
В феврале 1991 года при клубе Ленинградской АЭС был создан Театр эстрадных миниатюр с куклами «Сердечко» (руководитель Фомичева Н. С.).
19 марта 1991 года энергоблок №1 введен в эксплуатацию после завершения первого этапа реконструкции с заменой технологических каналов.
29 мая 1991 года группа священнослужителей во главе с ректором Санкт-Петербургской духовной академии отцом Владимиром освятила Ленинградскую АЭС.
В июле 1991 года на Ленинградской АЭС побывала представительная делегация инспекторов по атомной энергетике из Швеции и специалистов по безопасности из Финляндии и Норвегии. Зарубежные гости убедились в технических мерах по безопасности, принятых на ЛАЭС после чернобыльской аварии. Правила эксплуатации АЭС, расположенной на берегу Финского залива, озабоченности у представителей инспектората не вызвали.
28 августа 1991 года г. Сосновый Бор и Ленинградскую АЭС посетила в полном составе комиссия по экологии парламента Финляндии. Иностранные парламентарии обсудили с руководством станции вопросы экологической безопасности стран Балтийского региона.
1 ноября 1991 года энергоблок №2 ЛАЭС был выведен на трехлетнюю модернизацию, окончание которой было запланировано на 4 декабря 1994 года.
В январе 1992 года на Ленинградской АЭС был создан отдел внешнеэкономических связей, взявший на себя координацию работы по этому направлению.
Первым начальником ОВЭС с момента его создания и до 2004 г. был Арон Борисович Глебов.
Первоначально численность отдела была незначительной. Первыми сотрудниками ОВЭС были Н. Л. Мосунова, Н. А. Кожевникова, А. Ю. Рахуба. Позднее к ним присоединились О. В. Павлов, И. Г. Сидорова, О. Б. Черноусова, И. Л. Потеева, Н. В. Минаева, Л. А. Елкин, Е. Н. Шикова и др. Позднее в составе ОМиВЭС работало более 20 сотрудников.
В мае 1992 года в столице Финляндии г. Хельсинки завершился международный конгресс женщин, работающих в области атомной энергетики.
В нем участвовало 30 женщин из России, Болгарии, Чехословакии, Венгрии, Швеции, Франции, Германии, Англии, Швейцарии и Финляндии. Россию представляла инженер информационной службы ЛАЭС Т. С. Шавлова, выступившая на конгрессе с докладом на тему «Женщины в атомной энергетике».
Татьяне Сергеевне довелось трудиться не только в Центре информации. Ее работа на ЛАЭС начиналась с химического цеха, где она временно исполняла даже обязанности начальника ХЦ, а затем в этом же цехе возглавляла радиохимическую лабораторию. Позднее она стала единственной женщиной на ЛАЭС и одной из немногих в атомной энергетике, которой доверили быть оперативным дежурным станции, поэтому ее доклад на конгрессе был встречен с особым интересом.
6 мая 1992 года приказом директора на Ленинградской АЭС была образована лаборатория психофизиологического обеспечения.
Цель ее появления заключалась в активизации работы с персоналом, в создании условий постоянного контроля за психофизиологическим состоянием оперативного персонала и проведении мероприятий по его корректировке.
Первым начальником лаборатории был назначен Тимофеев Станислав Михайлович.
27 июня 1992 года группа анархистов из Санкт-Петербурга численностью около 20 человек разместилась с 2-недельным пикетом в километре от Ленинградской атомной станции.
Пикетчики выражали протест против атомной энергетики плакатами «Нет – атомному Калищу!», «Убей в себе государство!», «Защита народа – дело самого народа!».
С ними встречались работники группы информации, предоставляя информацию о работе станции и рассказывая, что сделано на ЛАЭС в целях ее безопасной эксплуатации и неповторения чернобыльского варианта.
20 ноября 1992 года Госатомнадзор России выдал временные разрешения на эксплуатацию энергоблоков Ленинградской АЭС. Тем самым станция получила признание государственного регулирующего органа и статус самостоятельной эксплуатирующей организации.
С этими правами вся полнота ответственности за обеспечение безопасной эксплуатации станции ложилась на руководство и персонал ЛАЭС, но при этом обеспечивалась полная самостоятельность в решении организационно-технических, экономических и финансовых вопросов.
В 1992 году был заключен контракт на создание полномасштабного тренажера-2 для Ленинградской атомной станции.
22 января 1993 года выработка электроэнергии на ЛАЭС достигла 400 млрд. кВт-часов с момента пуска первого энергоблока.
4 марта 1993 года директор Ленинградской АЭС А. П. Еперин в столице Австрии Вене представил специалистам МАГАТЭ программу повышения безопасности ЛАЭС.
7 марта данная программа была представлена специалистам Финляндии, в апреле – специалистам Японии, которые выразили желание профинансировать ряд работ, связанных с повышением безопасности ЛАЭС.
В марте 1993 года вышел приказ об образовании на ЛАЭС Центра оздоровления, реабилитации, диагностики (ЦОРД).
Штатная структура ЦОРД состояла из 412 сотрудников по 140 специальностям.
В состав Центра вошли несколько объектов: комплекс профилактики и реабилитации на оз. Копанское (котельная, водозабор, очистные сооружения, медицинский корпус, столовая, профилакторий, детский оздоровительный лагерь, жилые помещения для персонала); физкультурно-оздоровительный спортивный комплекс (СТК, ДЮСШ по биатлону с базой в д. Липово, спортивные сооружения при общежитии на ул. Космонавтов, 26, яхт-клуб, строящийся СКК, физкультурно-оздоровительные центры, открытая хоккейная площадка на ул. Солнечная, 14, подростковый трудовой лагерь в д. Ильмово и секция верховой езды).
Начальником центра был назначен Басалаев Валерий Валентинович.
