Профессор входящего в консорциум проекта ИБМХ РАН Сергей Мошковский в интервью газете «КоммерсантЪ» поделился своим видением развития протеогеномики — новой области биомедицинской науки, занимающейся идентификацией и количественным анализом белков.
«С некоторых пор стало ясно: о злокачественных опухолях можно получить гораздо больше информации, если исследовать их на разных уровнях молекулярной организации», — поделился он, отметив, что многие из вызывающих рак геномных мутаций лежат в кодирующих белок областях и при этом несинонимичны, то есть вызывают замены аминокислот в белках. Для молекулярной классификации опухолей, для задач онкоиммунологии привлекательно уметь анализировать последствия этих злосчастных мутаций на белковом уровне.
Тематика начинает развиваться и сталкивается с методическими трудностями, присущими протеомике в целом, — это в первую очередь нехватка чувствительности по сравнению с геномными технологиями. Мы вместе с коллегами учимся и создаем экспериментальные и вычислительные подходы для объединения данных анализа нуклеиновых кислот — ДНК и РНК — и белков из одних и тех же биологических образцов. Из них выделяют нуклеиновые кислоты, анализируют путем их секвенирования, находят мутации и оценивают генную экспрессию. Затем при помощи масс-спектрометрии высокого разрешения получают протеом и анализируют, как параметры нуклеиновых кислот сказались на конечном продукте — синтезированных белках. Пока мы работаем на хорошо изученных объектах — растущих в культуре раковых клетках человека, но в проектах есть перспективы переноса наших методов на модельных животных и материала от пациентов.
Подробнее: https://www.kommersant.ru/doc/5204046
