Расположен на Зилантовой горе, в 2,5 км ниже Казанского кремля по старому руслу р. Казанки.
Основан Иоанном IV 15 октября 1552 после взятия города. Первоначально находился на том месте, где стояла царская палатка и походная церковь и где хоронили воинов, убитых при штурме Казани. Уже в 1559 разлив Волги подмыл и разрушил строения монастыря, после чего его перенесли на вершину горы ниже по течению Казанки.
Название горы связано с преданиями о мифическом существе драконе Зиланте, изображение которого помещено в гербе Казани.
Первые постройки здесь были деревянными. Каменный ансамбль сложился в 17 в. В 1625 в обители построили кирпичные Успенский #собор жилые и хозяйственные строения. Успенский собор, как считается, строили по образу древнего собора Троице Сергиевой лавры (1425). Он был четырехстолпным и одноглавым. В нем стоял во всю восточную стену 4-ярусный иконостас с 46 древними иконами, многие из них относились к 1625 году и имели богатые серебряные ризы с жемчугами. В 1681 к юго-западу от Успенского собора поднялся #храм Всех Святых. Строение имело два этажа. Внизу размещались братские кельи и трапезная под сводами. К трапезной церкви примыкал придел Петра и Павла, позднее разобранный. Собор и трапезный храм связывала открытая галерея. В 1720 над восточными воротами возвели ярусный храм Алексия Митрополита «иже под колоколы», в нарышкинском стиле, над вратами, ведущими на кладбище. С внутренней стороны надвратный храм дополняла крытая галерея на аркадах.
С 1732 по 1740 в Зилантовом монастыре размещалась Казанская духовная #семинария . С 1740 здесь же действовала миссионерская школа для татарских, чувашских, марийских и мордовских детей (Новокрещенская #школа ).
После указа о секуляризации (изъятие из духовного ведения и передача светскому ведению) в 1764 и введения духовных штатов Зилантов монастырь стал быстро приходить в упадок. В 1774 его захватили и разорили пугачёвцы, не пощадив жизни настоятеля. Обитель на Зилантовой горе возродилась в кон. 18 в. благодаря вниманию, оказанному императором Павлом I при посещении Казани в 1798 м. По его благоволению монахам поручили ведать всероссийским сбором средств на памятник воинам, павшим при взятии Казани. Достигнутое в нач. 19 в. благополучие позволило возобновить каменное строительство. В ту пору построили Конюшенный двор (1806), Настоятельский корпус (1808), Казначейский корпус (1809), декоративную ограду с двумя угловыми башнями (1822), стоявшими с восточной стороны периметра, т.е. со стороны Казани. Настоятельский корпус представляет собой 2-этажное здание с мезонином, в который вписано полуциркульное окно. Именно это сооружение сохранилось от прежнего монастырского ансамбля. В 1829 к Всехсвятскому храму пристроили квадратную колокольню со шпилем обелиском в стиле ампир. В 1836 обитель на Зилантовой горе посетил император Николай I, указом которого ее причислили ко 2-му классу.
В кон. 19 в. Всехсвятский храм дал трещину, его разобрали до основания и построили заново в 1898 по проекту епархиального архитектора Ф.Н. Малиновского. Новый храм сильно отличался от первого, хотя и построен был в псевдорусском стиле. Одновременно построили и новую псевдорусскую колокольню, стоявшую в линии южной стены, над южными воротами. Арочный вход в обитель украшали две висячие гирьки в стиле ярославских посадских храмов 17 в. Над аркой стояли 4 маленькие главки с крестами. Над ярусом ворот возвышался собственно столп колокольни, который еще выше переходил в восьмерик звона, заканчивавшийся шатровым верхом с золотой маковкой.
В Зилантовом монастыре и на его кладбище находились могилы именитых казанских жителей, в т.ч. опального епископа Иосифа Иезекиля (Курцевича), генералов А.П. Лецкого (1800), Е.И. Великопольского (1802), князя В.Б. Болховского (1801), архитектора, надворного советника В.И. Кафтырева (1807), именитого землевладельца и промышленника Е.А. Лебедева. Самое последнее погребение - известной казанской благотворительницы О.С. Александровой Гейнс - состоялось в 1927, в склепе Успенского собора. Здесь покоились останки ее мужа, генерал лейтенанта А.К. Гейнса, бывшего казанского губернатора. Монастырский некрополь имел множество разнообразных надгробий, резных деревянных крестов, признаваемых современниками произведениями искусства. Один крест 18 в., в качестве экспоната хранится в Государственном музее изобразительных искусств Республики #Татарстан .
10 сентября 1918 после захвата Казани Красной армией в Зилантовом монастыре произошла трагедия. Почти всех оставшихся здесь иноков (10 из 11) расстреляли красноармейцы. Однако православная община все же просуществовала здесь до 1928. На следующий год богоборцы разрушили старинное кладбище с надгробными памятниками именитым гражданам Казани. Тогда же пошли на кирпич для домов рабочих заречных слобод каменные строения окончательно упраздненной обители.
До нач. 1950-х на территории бывшего монастыря располагались внутренняя тюрьма НКВД, затем детская колония, склады МВД.
То немногое, что осталось от роскошного архитектурного ансамбля, в 1998 вернули Казанской епархии. Бывший мужской монастырь возрожден, но уже как женский. К ремонту уцелевшего Настоятельского корпуса приступили осенью 1998, несмотря на поразивший страну экономический кризис. В 2000 восстановлен из руин (без повторения габаритов и композиции утраченного подлинника) Всехсвятский храм. В нач. 2000-х на пустом месте построены Успенский собор, сестринские корпуса с домовой церковью во имя Адриана и Наталии, колокольня и чуть позже Троицкий собор — копия древнего Троицкого собора Троице Сергиевой лавры. Таким образом, из былых монастырских построек (объектов культурного наследия) условно сохранились перестроенный храм Всех Святых (ныне Успенский) и Настоятельский корпус нач. 19 в. с трапезной и кладовой.
Сохранившиеся и новые объекты архитектурного ансамбля Зилантова монастыря:
