Сборка геномов происходит очень по-разному – задействованы либо чипы, либо склейка «хвост к хвосту» – синтез олигонуклеотидных праймеров из сделанных блоков по 35 тысяч пар нуклеотидов, затем клонирование в прицентровую большую плазмиду или дрожжевую хромосому, сборка путем рекомбинации цельного генома, его проверка на аутентичность, получение в агарозном геле, чтобы не порвать – и затем трансформация другого вида микоплазмы.
Это цитата публикаций 2010-17 года, описывающих, как происходили упомянутые процессы – естественно с некоторой модификацией – для получения принципиально нового живого организма, называемого синтетической микоплазмой. Просто подразумевается, что геном сделан не природой, а людьми. Но, естественно, он сделан по чертежу, практически без изменений, которые внесла когда-то природа.
Единственное отличие этого генома за эволюцию до 2011 года – то, что американцы попытались много раз, имея по крайней мере инструменты синтеза генома и развивая их, то есть переводя твердофазный объемный синтез в синтез на чипах и ручное ассемблирование в автоматизированное, серьезно этот геном редуцировать, чтобы понять, какие элементы этого генома являются неважными.
Тут их ждал некоторый казус, который они с удивлением опубликовали. Действительно, многие гены можно выбросить, но, например, некоторые межгенные участки в этом геноме выбросить нельзя, хотя они не имеют никакого смысла. Они не являются структурными белками, они не участвуют напрямую в транскрипции и пр.
Одно из достижений группы под руководством Глеба Юрьевича Фисунова в том, что там разобрались, почему при такой компактной записи информации тем не менее некоторые межгенные области являются гораздо более важными чем структурные. То есть в этом смысле просто генетический синтез, как можно было подумать, нокауты, которые любят молекулярные биологи, то есть отключения чего-то – вроде бы такая хорошо построенная логика, но она не всегда работает в качестве совершенного эвристического элемента.
Подробнее - здесь
