Хоть Чингисхан и предначертал своим потомкам идти "до последнего моря", они не смогли избежать соблазна поживиться за счет своих заморских соседей, да и во время завоевания Китая и Кореи монголам потребовался военный флот, так как во многих местах сухопутные дороги отсутствовали как явление. Несмотря на это, только при внуке Чингисхана великом хане Хубилае (1212-1294) монголы всерьез принялись за строительство военно-морского флота, гигантского по своим размерам, во многом передового по своему техническому оснащению, но неоднозначного по результатам примения.
Главной проблемой при создании монгольского военно-морского флота было отсутствие морских традиций у собственно монгол, в самом деле, откуда взяться морским традициям у народа, который всю свою историю прожил в глубине континента? Поэтому Хубилай решил использовать заветы своего мудрого деда, принимая к себе на службу лучших специалистов из стана поверженного противника - китайских и корейских моряков и корабелов. Поэтому и корабли у монголов были своеобразные: по сути, это были те же китайские джонки, только очень большого размера для более удобного размещения десанта и применения нового оружия (изначально - ракет, а затем - бронзовых пушек). Повседневные же функции на монгольском флоте выполняли батору ("храбрый") - плоскодонные гребные лодки вместимостью до 20 тяжеловооруженных воинов, а транспортные перевозки выполняли специальные суда с колесным движителем.
Созданный с абсолютного нуля монгольский флот сразу включился в боевую работу, его активное применение позволило монголам завершить завоевание китайской империи Сун и Кореи, в 1273 году монгольский флот овладел последней корейской крепостью островом Чеджудо, а в 1277 году монгольский флот в первый раз отправился к берегам Японии. Поначалу поход происходил успешно, монголы захватили острова Цусима и высадились на Косю, но невовремя разыгравшийся шторм позволил японским пиратам-вокоу взять завоевателей на абордаж, после чего те убрались на материк. Хубилай был не в восторге от действий своего флота против Японии, но монгольские моряки смогли быстро реабилитироваться в его глазах, одержав победу в битве при Ямыне 19 марта 1279 года, поставившую точку в истории монгольского завоевания Китая.
В 1281 году монголы сочли себя достаточно готовыми к новому вторжению в Японию. На этот раз ими был собран флот из 4400 кораблей, являвшийся самым большим флотом вторжения в мировой истории до 6 июня 1944 года, когда союзники высадились в Нормандии, но закончила эта армада плохо: тайфун "Камикадзе" похоронил 3/4 ее кораблей в морских пучинах. Хубилай тут же начал готовиться к новому вторжению, но решил попрактиковаться на Вьетнаме, где монгольский флот был жестоко бит.
После провального вторжения в Индонезию и смерти Хубилая монгольский флот пришел в упадок, оказавшись не в силах противостоять даже набегам вокоу, раззорившим не только побережье Китая, но и большие территории вверх по Хуанхэ, а восстание Красных повязок окончательно поставило крест на военно-морском флоте Монгольской империи.
