С началом Великой Отечественной войны экономика СССР стремительно перестроилась на военный лад. СНК СССР принял, что перевод промышленности будет выполнятся в плановом режиме. Промышленные предприятия «переквалифицировались» и начали выпускать военную продукцию. Из-за того, что многие предприятия и заводы остались на оккупированной территории, правительство направило все силы для создания прочного промышленного тыла на восточных территориях страны.
Многие башкирские заводы и предприятия тоже перестроили свою работу. К примеру, нефтеперерабатывающие заводы Уфы и Ишимбая производили горючие, смазочные материалы из нефти. За годы войны были освоены новые нефтяные месторождения. Например, в Ишимбайском районе около деревни Кинзебулатово. Белорецкий металлургический завод начал поставлять сталь и чугун для авиационной, танковой и автомобильной промышленности. Швейные фабрики Уфы, Ишимбая и Черниковска шили военное обмундирование, маскировочные халаты и противогазовые сумки.
СНК СССР летом 1941 года принимает решение об эвакуации заводов и предприятий на Урал, Поволжье, Сибирь, Казахстан и Среднюю Азию. Эвакуация была оправдана тем, что на местах имелась сырьевая база и поэтому предприятия смогли наладить военное производство. Большинство эвакуированных предприятий разместилось на «родственных» предприятиях. Так на Уфимской спичечной фабрике разместилась Калужская спичечная фабрика «Гигант». В Стерлитамак перебрались Азербайджанский трест нефтеразведки и Бакинский нефтяной завод. А на Уфимском моторостроительном заводе было размещено оборудование заводов авиационного мостостроения, эвакуированных из Рыбинска, Москвы и Ленинграда.
Большинство эвакуированных в Башкирию предприятий обосновались к середине 1942 года. Благодаря этому в республике возникли новые промышленные отрасли: авиационная, химическая, станкостроительная. За счет эвакуированных предприятий выросли легкая, местная и пищевая промышленности.
