Год 1236 стал для Волжской Булгарии роковым: государство пало под натиском монгольского войска. Многие города были сожжены и разрушены, а само государство вошло в состав Джучиева улуса. Но любопытно, что монголы, вероятнее всего, не разрушали Казань.
На территории города в находках встречаются наконечники монгольских стрел XIII - XIV веков, но монголы сюда пришли, вероятнее всего, уже в статусе хозяев, весть о покорении и падении Булгара донесли беженцы, крепость не оказывала сопротивления, её занял монгольский гарнизон (о чём и говорят находки наконечников стрел) и она не была разрушена.
И ещё один момент. В состав административной системы Золотой Орды, в той или иной степени зависимости от неё, вошли булгарские, русские и частично даже финно-угорские земли, так что Казань потеряла свой погранично-опорный статус. Границы с русскими землями тут больше не было.
Из угасающего Булгара и его окрестностей люди переселяются на север, основывая разные деревни и города, и конечно же, они переселяются в Казань. В окрестностях Казани в ту пору активно заселяются бассейны Мёши, Вятки и Казанки. Как раз в это время было основано Кабанское городище, на котором было обнаружено кладбище с надгробием над могилой булгарской принцессы.
А во второй половине XIV века, когда политическая система Орды находилась в глубочайшем кризисе, и метрополия почти не управляла провинциями, начинается обособление местной знати и процесс, закончившийся формированием независимых государств с чингизидами во главе. Так произошло в Крыму, которым правили потомки Тукай Тимура, так произошло и в Казани.
Ещё в 1361 году ордынский царевич Булат Тимур попытался создать в Булгаре своё независимое княжество. Булат Тимура сменил захвативший власть в Булгаре Хасан, а Хасана темник Мамай, который формально, не будучи Чингизидом, не мог претендовать на престол. Мамай привлёк к походу на булгар князя Дмитрия Константиновича.
Совместными усилиями Мамай и Дмитрий город взяли, эмира Хасана с престола сместили и на "княжение посадиша Салтана Бакова сына". Новый князь, однако, понимая, что Мамай уйдёт, а Хасан останется, выделил последнему, во избежание конфликта, обширные земли к северу от Булгара с центром в Казани.
Именно Хасан стал первым правителем вроде бы как ни от кого независимого Казанского княжества. Вроде бы как потому, что был обязан своим положением булгарскому князю, да и время было неспокойное: в любой момент можно было лишиться и головы, и княжества. Могилу Хасана обнаружили на Кабанском городище, а некоторые историки даже полагают, что его имя стало именем города: Хасан - Казан - Казань.
В это время, то есть во второй половине XIV века Казань впервые появляется на западных картах, что говорит о значимости города для Европы. На карте братьев Пицигани, составленной в 1367 году в Италии, на месте Казани обозначен большой город, правда пока без обозначения названия. На других картах город иногда подписан латинским словом Castrum (крепость)
Получается такой исторический парадокс: Волжская Булгария обязана монголам своим падением, а Казань своим расцветом. Из бывшей окраины она превращается в богатый торговый город. Если к концу XIII века город находился в границах (или чуть за ними) домонгольского поселения, то к XV веку неукреплённый посад доходит на востоке до современной линии Кремлёвская - Чернышевского.
Центром города, политическим ядром края по прежнему остаётся крепость на холме. Там находилась резиденция правителя края, но сама крепость при этом не расширялась, занимая фактически ту же площадь, что и в булгарские времена. Город был пёстрым на этнический, конфессиональный и профессиональный состав.
Археологические раскопки совершенно точно позволяют утверждать, что в городе проживали и русские, причём знатные и богатые русские. Вероятнее всего, это были купцы. В раскопках, материал из которых датируется ордынским периодом, появляется посуда из Средней Азии, Северо-Восточной Руси, Нижнего Поволжья и даже из Китая. Падающее булгарское знамя главного центра волжской торговли подхватила Казань.
Торговля продолжала оставаться для Казани главным делом, приносящим основной доход как в казну, так и в карманы жителям. Снова возобновляется каменное строительство, а в крае, где основным строительным материалом было дерево, это довольно дорогое удовольствие. В отделке фасадов мечетей и гражданских зданий появляется поливная керамика, штука ещё более дорогая и очень редкая.
Кто основал Казанское ханство? Достоверных источников на этот счёт нет. Принято было считать, что это сделал либо Улу Мухаммед, либо его сын. Но к моменту появления Улу Мухаммеда на Средней Волге Казань уже была значительным центром, подчинившим другие княжества Булгарского улуса и фактически независимым от метрополии.
"Из-за многих смут и бед, обрушившихся на Булгарию, её прежнее благополучие пошло на убыль, постепенно всё это перешло на Казань, которая и стала наследницей былого величия булгар. В начале XV века Казань стали называть Булгар Аль Джадид, или Новым Булгаром. Сложившиеся обстоятельства делали неизбежным превращение Казани в столицу Казанского ханства".
Выдающийся татарский просветитель Шигабутдин Марджани: