В последние месяцы в мире активно обсуждается появление новых мутаций SARS-CoV-2 – «британского», «южноафриканского», «бразильского», «финского» штаммов. Утверждается, что некоторые из них более контагиозные (заразные), а другие могут вызывать массовые повторные заражения из-за способности «ускользать» от антител в организме переболевших людей. Также описаны мутации, которые могут влиять на «ложноотрицательные» результаты ПЦР-тестов. Что это значит для пациентов и общества в целом? Как проводится тестирование для выявления новых мутаций вируса? Обо всем этом рассказывает Андрей Поздняков, врач-инфекционист, главный врач клинико-диагностической лаборатории ООО «Инвитро — Сибирь».
В первую очередь, необходимо понять, какие цели преследует этиологическая диагностика (выявление SARS-CoV-2 с помощью ПЦР или антигенных тестов ):
- в клинической практике – для конкретного пациента,
- в оценке эпидемиологической ситуации на определенной территории с целью прогнозирования течения пандемии.
В клинической практике очень важно , чтобы использующийся метод тестирования правильно диагностировал все случаи инфекции, независимо от вызвавшего ее штамма. Определение штамма SARS-CoV-2 у конкретного пациента не имеет особенного клинического значения . Тактика ведения пациента практически не зависит от данной информации.
Для эпидемиологических целей выявление штаммов циркулирующего на территории возбудителя, наоборот, очень важно . Например, распространение более контагиозных штаммов ведет к усилению эпидемиологических мероприятий по профилактике заражения на данной территории. Распространение штаммов, «ускользающих» от ответа иммунной системы уже переболевших, может привести к резкому росту повторных заболеваний, соответственно потребуется усиление амбулаторного и стационарного звеньев здравоохранения.
Для диагностики с клинической целью чаще всего используется метод полимеразной цепной реакции с обратной транскрипцией (ОТ-ПЦР ) в режиме реального времени, реже антигенные тесты. После изучения новых мутаций SARS-CoV-2 , производители реагентов ПЦР, используемых в «Инвитро », указали следующую информацию: «…реагенты для выявления РНК SARS-CoV-2 детектируют участки генома вируса, не затронутые мутациями, характерными для Британского , Южноафриканского, Бразильского вариантов коронавируса. Эффективность выявления указанных вариантов вируса данными реагентами не снижена». Таким образом, в клинической диагностике уже известные мутации коронавируса не влияют на выявление РНК SARS-CoV-2 методом ПЦР .
Как мы уже отметили, эпидемиологическая диагностика преследует другие цели, поэтому этапы исследований отличаются от клинической практики. Сначала проводится сбор «ПЦР-положительных » образцов биологического материала от пациентов (например, проживающих на определенной территории) с последующим проведением секвенирования – исследования всей вирусной РНК с выявлением имеющихся в ней мутаций. Далее определяются наиболее распространенные штаммы коронавируса на данной территории, чтобы принять необходимые эпидемиологические решения .
