Этот этап филогенетического анализа, в отличие от предыдущих, необязательный. Однако о взвешивании стоит знать, потому что оно в разных видах часто используется, и, к тому же, существуют разночтения в том, как его применять.
Существует два вида взвешивания признаков: априорное и апостериорное. Я лично никогда не использую априорное взвешивание, но зато использую апостериорное. И решила для полноты картины написать про оба вида.
Априорное взвешивание.
Делается до анализа.
Самое простое, что можно сделать - это назначить больший вес тому признаку, который вам кажется важным. Таким образом, клада, для которой этот признак будет апоморфией, будет иметь больше шансов на то, чтобы оказаться в наиболее экономной филогении.
По сути признак с весом 2 будет дублироваться. Признак с весом 3 будет в матрице трижды. И так далее.
Придание большего веса конкретным признакам не приветствуется. Главная причина- это увеличение субъективности анализа. С помощью взвешивания признаков можно добиться какого угодно результата. Например, если нужно сохранить какую-то группу на филогении, то достаточно придать достаточно веса тем признакам, которые могут ее поддержать.
Есть еще один способ взвешивания, и не такой прямой как этот, он касается переходов состояний. По умолчанию признаки неупорядочены (non-additive, unordered). Это означает, что все состояния одного признака могут переходить одно в другое с равной вероятностью. Однако в некоторых случаях, особенно это касается количественных признаков, кажется очевидным, что состояние 0 может стать состоянием 2 только пройдя через состояние 1. Например, рост 10 см (состояние 0) может стать 50 см (состояние 2) только пройдя через 30 см (состояние 1). Или мы предполагаем, что сначала было состояние, где есть 1 зубец, потом зубцов стало 5, а только потом 10.
В таких случаях мы можем задать порядок переходов состояний, какой мы считаем правильным, то есть сделать признак упорядоченным (additive или ordered). В таких признаках одни переходы считаются более вероятными, чем другие. Получается, что более вероятный переход меньше влияет на длину дерева, чем менее вероятный переход.
Упорядочивание состояний в признаке программирует наш анализ на то, что виды с крайними состояниями имеют меньше шансов оказаться сестринскими таксонами, чем таксоны, у которых состояния ближе друг к другу. Казалось бы, в этом есть некоторый резон. Логично, что размер из маленького может стать большим, только пройдя через состояние среднего. Главный аргумент против такого априорного упорядочивания в том, что мы считаем, что знаем, как шла эволюция. То есть заранее помещаем свои убеждения в наш анализ как один из параметров. На самом деле все могло бы быть не так, как мы считаем до анализа, и задавая ход эволюции признака, мы лишаем себя возможности рассмотреть и другие возможные варианты.
Я думаю, что уже понятно, что априорное взвешивание признаков - это то, что не рекомендуется делать. Если же вы все-таки видите в этом смысл, то надо очень подробно и логично объяснить в статье, на каких основаниях вы это делаете.
Как менять вес признака или упорядочивать его состояния в TNT.
В главном меню выбираем Data, и в выпадающем меню Character settings.
Появляется вот такое окно. Для начала надо нажать на CHARS (как видите, справа написано 0 characters selected)
Тут мы выбираем признак мышкой. Если надо несколько признаков то используем ctrl или shift. И нажимаем на кнопку со стрелками налево.
Должно получиться вот так.
Признаки слева - это те признаки, для которых будем настраивать вес. Жмем ОК.
Вот теперь можно их сделать аддитивными или задать вес, что и показано на следующей картинке. У меня вес 2, но вообще его можно сделать каким угодно.
Тут же можно признак сделать неактивным. И еще есть и более навороченные настройки, например, step-matrix или Internal steps, но, если честно, я не знаю, что это такое и зачем (в норме галки на этих местах быть не должно). Потом жмем APPLY и затем ОК.
Как задать вес признака или упорядочить состояния в Winclada.
В главном меню выбираем Chars, в выпадающем меню - Weight Characters.
Появляется окно, в котором можно задать с какого по какой признак хочется изменить вес. Например, выбрала с 5 по 6 и вес 2. Жмем ОК.
Чтобы сделать признак упорядоченным (ордированным, аддитивным), надо сначала выбрать признаки, кликнув на каждый из них дважды левой кнопкой мыши. Они должны стать желтыми.
В главном меню выбираем Chars, в выпадающем меню Make selected characters additive. Выбранные признаки станут аддитивными.
Когда вы захотите запустить анализ, то Winclada вас предупредит о том, что у вас есть аддитивные признаки и средний вес более 1. За этим стоит следить, потому что иногда можно забыть отменить вес или аддитивность.
