В XV веке он звался проще – Ивановским, находился в Замоскворечье и вообще был мужским. А в 1530-е годы его решили перенести на Кулишки. По предположениям историков, старое здание не было востребовано, да в и мужских таких заведениях не было нужды, поэтому чудесным образом Ивановский монастырь стало женским Иоано-Предтеченским.
Позже, уже при царях Михаиле Федоровиче и Алексее Михайловиче, месту начали покровительствовать члены государственных семейств и жены правителей. Бывала там, например, супруга Василия Шуйского и Евдокия Лукьяновна. А для других знаменитых фамилий – Хилковых, Волконских, Кропоткиных, Татевых – монастырь стал родовой обителью.
На протяжении всего XVIII века хозяйство монастыря медленно приходило в упадок: не хватало твердой руки меценатов, отбывших в новую столицу – в Санкт-Петербург.Открывшаяся там тюрьма (где, кстати, содержали саму Дарью Салтыкову, жестокую помещицу Салтычиху), несколько крупных пожаров второй половины века, а следом и разорение храмов в 1812-м году могли бы окончательно превратить святое место в пустырь, но в 1859-м году митрополит Филарет на деньги Елизаветы Макаровой-Зубачевой, дочери известного купца Мазурина, провел реставрацию.
Монастырь практически перестроили заново, построили новые корпуса – трапезный, больничный, новую колокольню и галерею. А в 1890-м ему даже выдали земли для хутора в районе современной станции «Марк».
Несмотря на эти невзгоды и тяжелые годы гонений после февральской революции, сохранились главные постройки этой местности в оригинальном (от XIX века) виде. Одной из основных достопримечательностей по-прежнему является собор Усекновения главы Иоанна Предтечи.
Его купол называют московской Флоренцией, и непроста, а так как он был возведен по образцу флорентийской церкви Санта-Мария-дель-Фьоре.
Помимо этого, выделяется часовня, построенная в 1737-м году, и церковь праведной Елизаветы. Так она названа как раз в честь Макаровой-Зубовой, благодаря которой монастырь получил вторую жизнь.