Исследователи из Кембриджского университета разработали новый метод секвенирования ДНК под названием Chem-map, который может определять конкретное местоположение и взаимодействие между низкомолекулярными препаратами и их целевым геномом.
Этот метод позволяет исследователям проводить картирование взаимодействий малых молекул и генома in situ с беспрецедентной точностью. В методе используется стратегия, называемая направленной на малые молекулы маркировкой транспозазы Tn5, которая обнаруживает сайт связывания в геноме, где небольшая молекула связывается с геномной ДНК или ДНК-ассоциированными белками. Исследователи использовали Chem-map для определения участков прямого связывания широко используемого противоракового препарата доксорубицина в клетках лейкемии человека. Этот метод также показал, как комбинированная терапия с использованием доксорубицина на клетках, уже подвергшихся воздействию туцидиностата, ингибитора гистондеацетилазы (HDAC), может иметь потенциальное клиническое преимущество. Этот метод также использовался для картирования сайтов связывания определенных молекул на G-квадруплексах ДНК, которые представляют собой четырехцепочечные вторичные структуры, которые участвуют в регуляции генов и могут стать возможными мишенями для будущих противораковых методов лечения.