С недавних пор все исторические государственные объединения енисейских кыргызов в Минусинской долине стали называть единым термином - Хонгорай (в переводе с древне-кыргызского - горностепной народ).
Целью этого является представить Хонгорай как единое государство хакасов еще в раннем Средневековье.
Русские же называли земли Минусинской долины просто "кыргызской землицей".
В Хонгорае существовало четыре хонгорских княжеств-улусов кыргызов (Алтысарский, Исарский (Езерский), Алтырский, Тубинский). Все эти улусы были практически независимы и объединялись только Джунгарским ханством, которое было их главным сюзереном.
Кыргызы составляли военное сословие всех улусов и несли только воинскую повинность. Податным населением были так называемые "кыштымы" - разноплеменные субэтносы енисейских кыргызов из самодийцев, енисейцев и тюрков.
Есть основания полагать, что уже к Х в. часть кыргызских кыштымов являлась субэтническим элементом кыргызского этноса, о чём может свидетельствовать арабский источник «Худуд ал-алам», датируемый 982–983 гг., где «кестим» – «название другого народа, также из хыргызов» - монография М.Чертыкова ЭТНОПОЛИТИЧЕСКАЯ СИТУАЦИЯ НА ТЕРРИТОРИИ ХОНГОРАЯ XVII НАЧАЛЕ XVIII В
При этом особое место в иерархии кыргызского общества занимали самодийцы-моторы, которые наравне с кыргызами были воинским сословием.
Экономика Хонгории строилась на взаимодействии различных форм хозяйствования и натуральном обмене продуктов.
Население Кузнецкого Алатау специализировалось на кузнечном ремесле; степное население – кочевники-скотоводы, кроме занятий скотоводческим хозяйством, брало на себя военнополитическую функцию; в лесостепи бытовало плужное земледелие (ячмень и гречиха); таёжное население занималось охотой и собирательством, обеспечивая пушной сектор экономики Хонгорая - Шерстова Л.И. Тюрки и русские в Южной Сибири: этнополитические процессы и этнокультурная динамика XVII – начала ХX века. Новосибирск: Изд-во ИАЭТ СО РАН, 2005. 312 с.
Еще одним фактором устойчивости кыргызского общества было родство с правящей династией Джунгарского ханства. Несмотря на то, что кыргызы были тюрками, они считались родственными монголам-джунгарам. Джунгарские ханы брали кыргызских княжен в жены, а молодых князей кыргызов на воспитание.
Именно благодаря опоре на джунгар кыргызы вели равную борьбу с русскими, которые практически до конца 17 века обходили стороной Минусинскую долину.
Популярности русским не добавил и эпизод, с которого и началось русско-кыргызское противостояние.
В 1606 г. жена кыргызского князя Номчи во время переговоров в Томске с воеводами была ограблена, что, наряду с другими причинами, положило начало военному русско-кыргызскому противостоянию - М.Чертыков ЭТНОПОЛИТИЧЕСКАЯ СИТУАЦИЯ НА ТЕРРИТОРИИ ХОНГОРАЯ XVII НАЧАЛЕ XVIII В
Но вскоре похолодали отношения кыргызов и со своими сюзеренами. Джунгары опасались (небезосновательно) что кыргызы могут принять давние посулы маньчжур о китайском подданстве.
В 1703 году 20 тысяч маньчжур вторглись в Хонгорай и джунгарский хан Цеван-Рабдан вынужден был переселить енисейских кыргыз в Джунгарию.