Микробные метаболиты могут влиять на метаболизм хозяина различными путями, включая прямое взаимодействие с желудочно-кишечным трактом и периферическими тканями. Эти взаимодействия включают в себя влияние на экспрессию генов хозяина через эпигенетические механизмы, воздействие на кишечную нервную систему и непосредственную индукцию передачи сигналов блуждающего нерва, изменение передачи сигналов желчной кислоты и воздействие на пути центрального аппетита, интегрирующие энергетический статус хозяина. Стоит также отметить, что отдельные кишечные микробы могут влиять на общий состав кишечной микробиоты и ее метаболиты. Интересно, что это особенно играет важную роль в производстве SCFA посредством процесса, называемого бактериальным перекрестным кормлением, при котором один вид бактерий обеспечивает питательные вещества для другого вида. Механизмы, описанные выше, в основном опосредуются через микробные метаболиты кишечника, которые включают, но не ограничиваются ими, SCFA, желчные кислоты