Томмен и другие ученые в 2015 году сочетали моделирование и молекулярные эксперименты для изучения влияния качества света на циркадные часы фитопланктона одноклеточных зеленых водорослей Ostreococcus tauri. При этом свет является основным источником света для наблюдения за часами.
Морские организмы могут испытывать большие колебания светового спектра из-за изменения расстояния до поверхности моря. В этом контексте, Томмен и др. оценивают, синхронизирует ли двухкомпонентная сигнальная система, регистрирующая зеленый и синий свет, через РодНК (гистидинкиназу, содержащую домен родопсина) и ЛОВГК (вторую гистидинкиназу, содержащую домен ЛОВ), соответственно, центральный циркадный осциллятор TOC1-CCA1 на основе дневного/ночного цикла. Большинство численных прогнозов в соответствии с экспериментальными данными проложили путь для интересного вывода, показывающего, что часы О. Таури могут быть сброшены как синим, так и зеленым светом, в любом порядке. Это говорит о том, что морские часы достаточно пластичны для адаптации к широкому спектру различных сред: от открытого моря до прибрежных вод.
В двух следующих документах объединены данные посредством реконструкции и анализа метаболических сетей в масштабе генома бактерий. В первом - взаимодействие водорослей и бактерий, которое вызывает растущий интерес в морских науках. Диттами и др. (2014) сообщают о геноме и метаболических возможностях неизвестного семейства альфапротеобактерий, которое тесно связано с ризобиалами и часто живет в содружестве с бурыми водорослями, в частности, с геномной моделью Ectocarpus Sp.
Автоматическая реконструкция метаболической сети используется для расшифровки метаболических возможностей этой бактерии и создания гипотез о ее предполагаемых биотических взаимодействиях с Ectocarpus sp. Этот подход закладывает основу для методик в биологии межвидовых систем для изучения взаимодействий между бурыми водорослями и их ассоциированными (некультивируемыми) бактериями, что является важным шагом на пути к пониманию сложной системы водорослей и их симбионтов.
Таффи и др. (2014 г.) описывают анализ эффектов биовосстановления на уровне экосистемы, основанных на комбинации моделей биоаккумуляции пищевой паутины и метаболических моделей деградирующих бактерий. В качестве примера они рассматривают биоаккумуляцию полихлорированных дифенилов (ПХД) в пищевой паутине Адриатики и реализуют метаболическую модель Pseudomonas putida KT2440 (iJN746), расширенную микробиологическими аэробными путями деградации ПХД.
Используя такие методы, как линейно-обратное моделирование, анализ баланса потоков и анализ экологических сетей, их работа открывает новые пути для анализа экосистем, для оценки стратегий биоремедиации, а также дает представление об экологической роли микробных сообществ в пищевых сетях. Как было указано Базлером и Симеонидисом (2015 г.), такой подход будет стимулировать новые разработки в области экологического моделирования и даст мощное представление о многоуровневом взаимодействии между экосистемами, микробными сетями и биодеградацией.
В качестве последнего сообщения, Эрнандес-Прието и др. (2014 г.) рассматривают воздействие целого ряда данных по омическим компонентам (геномика, транскриптомика, протеомика и метаболомика) на понимание жизнедеятельности морских цианобактерий. Авторы также комментируют некоторые ограничения, связанные с качеством данных, их обработкой и имеющимися в настоящее время алгоритмами для автоматически генерируемых сетей.
Все эти статьи направлены на обеспечение целостного понимания морских биологических систем без использования исключительно экспериментальных методик. В этом контексте подходы системной биологии способствуют либо новым концепциям, либо новым знаниям. Однако, помимо сочетания новейших методов моделирования и анализа данных по "омикам", биология морских систем продолжает давнюю традицию междисциплинарных подходов, которые, несомненно, будут обогащены в будущем исследованиями новых и разнообразных морских организмов и/или многомасштабных биотических процессов, протекающих в морской среде.
