Шехзаде Мустафа родился 8-ого сентября 1779-ого года, в городе Стамбуле - столице государства Османская Империя. Его отцом был султан Абдул-Хамид I, а матерью шестая жена падишаха, болгарка Сениепервер-султан. У Мустафы была родная сестра Эсма-султан, а также двенадцать единокровных братьев и пятнадцать единокровных сестёр. Шехзаде рос в султанском дворце, обучался в дворцовой школе, знал много наук, но не был любимцем отца-султана.
Когда на престол взошёл султан Селим III, Мустафу поместили в кафес (клетку) для возможных престолонаследников. Шехзаде был очень спокойным человеком, способным на самоконтроль, поэтому он остался в здравом уме, прожив в кафесе 7 лет. Когда Селима III свергли, за Мустафой пришли янычары, чтобы освободить его. Шехзаде сильно испугался и подумал, что это всё ложь и султан решил казнить его.
Из-за предрассудков Мустафа забаррикадировался в кафесе на целые сутки и никого к себе не подпускал. Мустафа вышел из клетки, когда его мать Сениепервер пришла к нему и сумела убедить, что воины не желают ему зла. Главарь мятежников, Кабакджи-паша, был назначен великим визирем. Султан Мустафа IV не одобрил новых реформ, вводимых его предшественниками, поэтому вернул янычарам власть, а сторонников Низам-и-Джедид казнил.
Во время правления Мустафы продолжалась русско-турецкая война. Турция сумела подключить к себе Имеретинское Царство (одно из царств Грузии), усилив свои силы. Помимо Грузии, на стороне Османской Империи воевало Крымское ханство, Буджакская орда, Задунайская Сечь, Абхазское княжество и Каджарский Иран. Сторонниками России оставались Сербские повстанцы, Мегрельское княжество, Гурийское княжество, Республика Семи Островов, Молдавское княжество, Княжество Валахия, Черногория и Брда.
Мустафа возглавил сражение у Афонской горы, но увидев приближающиеся русские корабли, повернул свой корабль назад. Турки проиграли в этом сражении, в 1807-ом году был заключён мирный договор, согласно которому Россия возвращает османам завоёванные территории, но турки в свою очередь перестают помогать Молдавии, Трансильвании и Валахии в войне с Россией.
В 1808-ом году великий визирь Мустафа-паша Байрактар возглавил новое восстание. Явившись к воротам Стамбула, он заявил о своих намерениях вернуть власть Селиму III, а Мустафу убить. Перепуганный султан приказал убить Селима и своего маленького брата Махмуда. Войска Байрактара-паши штурмовали султанский дворец, в это же время палачи казнили Селима, но Махмуда найти не смогли, так как мать последнего - Накшидиль-султан, надёжно спрятала его.
Ворвавшись во дворец, Байрактар-паша арестовал султана Мустафу, а Махмуда возвёл на престол. Юный Махмуд II стал новым падишахом, янычары присягнули ему на верность, а Мустафу IV заключили в тюрьму. В ноябре 1808-ого года сторонники Мустафы пытались освободить его и вновь возвести на престол. Махмуд II, узнав об этом, приказал казнить брата.
За всё время правления султан не успел обзавестись большим гаремом, а большинство наложниц досталось ему от Селима III, все они были нетронуты и юны. Мустафа не был женат, но имел четыре фаворитки: боснийку Шевкинур-хатун, гречанку Дильпезир-хатун, армянку Сеяре и русскую Пейкидиль. У Мустафы было двое детей, которые умерли в младенческом возрасте, это дочь Эмине-султан (умерла в 4 мес) и сын, шехзаде Ахмед (умер на второй день после рождения).
Последняя избранница, Пейкидиль-хатун, была настолько верна любимому султану, что попыталась прокрасться в покои Махмуда и зарезать его остриём заколки от платья. Девушка прибывала в ярости и подловила султана, когда тот направлялся отдохнуть в свою комнату. Она пыталась кольнуть его остриём, но тот ударил её и пыл Пейкидиль остыл. За этот поступок она была казнена в декабре 1808-ого года.
Сам султан скончался 16-ого ноября 1808-ого года, в стамбульской тюрьме. Был похоронен на кладбище Стамбула, точное место захоронения неизвестно.