22 января 2020 года медицинский журнал «Journal of Medical Virologyruen» опубликовал исследование китайских учёных, в котором пять геномов вируса 2019-nCoV сопоставили с 276 известными геномными последовательностями коронавирусов, поражающих людей и различных животных. По мнению учёных, построенное филогенетическое древо коронавирусов показывает, что новые вирусы появились ориентировочно два года назад от одного общего предка, путём гомологичной рекомбинации между коронавирусом летучей мыши и, возможно, коронавирусом китайских змей — южнокитайского многополосного крайта или китайской кобры (обе разновидности змей продавались на рынке в Ухане в качестве экзотической пищи[en])[52][53].
Однако ряд исследователей в статье, опубликованной в журнале Nature, оспаривает подобный вывод китайских учёных[54][55] и утверждает, что, с их точки зрения, маловероятно, что в качестве источника заражения могли выступить змеи, где наиболее вероятными кандидатами на эту роль являются млекопитающие и птицы. По мнению Пауло Эдуардо Брандао, вирусолога из Университета Сан-Паулу, китайские учёные не предоставили доказательств того, что змеи могут заражаться новым коронавирусом и служат для него хозяином, в том числе поскольку нет надёжных доказательств наличия коронавирусов у хозяев, кроме млекопитающих и птиц. Цуй Цзе, вирусолог из Шанхайского института Пастера, входивший в группу, выявившую в 2017 году вирусы, связанные с атипичной пневмонией у летучих мышей, сообщает, что полевые работы после вспышки атипичной пневмонии в 2002—2003 годах обнаружили такие вирусы только у млекопитающих.
Другая группа китайских учёных предположила, что источником вируса 2019-nCoV являются летучие мыши, поскольку РНК образцов 2019-nCoV на 96 % совпала с РНК вируса, который ранее находили у азиатских подковоносов (лат. Rhinolophus affinis). Кроме того, коронавирус 2019-nCoV на 79,5 % похож на вирус атипичной пневмонии, эпидемия которой началась в Китае в 2002 году[56].
