После смерти Павла I и отказа Александра I стать новым Великим Магистром встал вопрос о дальнейшей судьбе русских приорств. Многие считали необходимым уничтожить отделения иоаннитов в России, полагая их ненужными и даже вредными. Другие предлагали по примеру Бранденбургского бальяжа прервать отношения с «папским» Орденом и провозгласить русские приорства независимым российским орденским образованием. Все сторонники жестких мер сходились на необходимости прекратить перечислять орденские деньги за границу.
Однако у Ордена в Петербурге нашлись и влиятельные союзники. Сам император, очевидно из внешнеполитических соображений, не торопился «закрывать» госпитальеров в России, но одновременно не хотел обременять себя обязательствами, связанными с титулом протектора Ордена, который он принял 16 марта 1801 г. В 1803 г. Александр I отказался от титула протектора и способствовал избранию нового Великого Магистра. Орденский архив отправили в резиденцию вновь избранного Великого Магистра Джованни Батиста Томмази на Сицилию. В целях экономии существенно сократили штат чиновников орденского Капитула.
Причины закрытия русских приорств лежали в той же сфере, что и мотивы их учреждения — в финансовой. После Тильзита внутриполитическая ситуация в стране резко ухудшилась. Затяжной финансовый кризис, стремительно развивавшийся с 1807 г., грозил обернуться катастрофой. Созданный для его преодоления Финансовый комитет, разработал к декабрю 1809 г. антикризисную программу — «План финансов на 1810 г.». Ее авторы — М. М. Сперанский и М. А. Балугьянский — предлагали ввести режим строжайшей экономии, в частности, значительно сократить ассигнования на Капитул российских орденов, «в том числе остановить и даже вовсе прекратить все расходы по Мальтийскому Ордену и самый дом обратить в казну».
Русские подданные продолжали получать мальтийские кресты весь XIX век, но уже как иностранную награду, либо носили орден с высочайшего дозволения без какого-либо юридического обоснования.
Бессмысленно гадать, как сложилась бы судьба ордена св. Иоанна Иерусалимского, если бы не события 11 марта 1801 года. Павел I был прагматичным государственным деятелем, и его романтические жесты были, как правило, тщательно продуманы и подкреплены точным расчетом. Император связывал с Орденом далеко идущие планы. О некоторых из них известно документально, другие базируются на слухах и не всегда выверенных источниках. В любом случае, за ширмой любимых Павлом рыцарских церемониалов и придворной мишуры скрывались серьезные деяния.