Синтай - предмет, в которой воплощается храмовое божество - располагается в главном здании святилища, которое называется хондэн.
Обычно хондэн окружен специальной оградой (тамагаки), а двери его закрыты. Заходить внутрь тамагаки может как правило только священник - и обычно он делает это только во время церемоний.
Коньки (тиги) и короткие поперечные бревна (кацуоги) на крыше - традиционные элементы синтоистского святилища, а белый и особенно ритуальный красный - его традиционные цвета.
В больших святилищах хондэн обычно теряется среди множества вспомогательных построек: это и залы для молитв и жертвоприношений (обычные люди не могут посетить синтай в хондэне, поэтому молятся и приносят свои жертвы во вспомогательных зданиях), и административные постройки, и жилье священника.
В дополнение к главному святилищу на ритуальной территории часто располагаются вспомогательные алтари (сэцумацу-ся). Когда-то святилища только такими и были, большие постройки с громоздкими крышами пришли в Японию вместе с буддизмом.
Многие элементы синто происходят из верований коренных жителей Японских островов, которых пришельцы с континента оттеснили на север. Сейчас потомки этого древнего народа - айны - остались только на Хоккайдо и на самом севере Хонсю, и они по-прежнему строят святилища-избушки с прямыми крышами, тиги и кацуоги.
Вдоль дорожки от первой тории до главных зданий святилища обычно выстраиваются ряды каменных фонарей (торо). Поначалу в таких фонарях зажигали священный огонь, но сейчас их чаще используют просто для освещения. Некоторые зажигают постоянно, некоторые по праздникам.
Некоторые фонари ставят сами святилища, но многие торо - пожертвования верующих.
Торо обычно состоят из нескольких базовых элементов: основание, вертикальный стержень, площадка под фонарь, собственно фонарь, крышка и один-два украшения сверху.
Все эти элементы как правило ничем не скреплены, их просто устанавливают один на другой.
Другой вспомогательный элемент святилища - маленькая колокольня (сёрё). Она сильно отличается размером от христианских колоколен, потому что исполняет другую функцию. Колокол христианского собора вешают как можно выше, чтобы его было слышно как можно дальше - чтобы как можно больше прихожан собрались на молитву. Звук колокола в японском святилище или монастыре адресован высшим силам.