На многопартийных выборах в июле 1990 г. обновленная МНРП получила 83% мест в парламенте, и таким образом Очирбат был косвенно избран президентом государства. В новое правительство вошли члены оппозиционной Монгольской демократической партии (МДП), преемницы МДС. Новое правительство поставило перед собой трудновыполнимую задачу - преобразовать экономику и перейти к 1994 г. от системы централизованного планирования к рыночным отношениям. Были либерализованы цены, что привело к инфляции, была введена новая банковская система и открыта фондовая биржа, проведена приватизация промышленности и сельского хозяйства по чешской ваучерной схеме; Монголия вступила в МВФ и Азиатский банк развития (АзБР). Начальный период преобразований был весьма болезненным: ВВП снизился на 10% в 1991 г. и на 9% в 1992 г. поскольку развал Советского Союза привел к прекращению экономической помощи, приостановке энергоснабжения и к полному выводу советских войск. Одна седьмая часть трудоспособного населения оказалась безработной, потому что Монголия не смогла найти новых рынков сбыта для своей продукции.
Неудавшийся путч в августе 1991 г. повлек за собой волну антикоммунистических настроений. В результате президент Очирбат и другие высокопоставленные государственные чиновники формально вышли из МНРП. В феврале 1992 г. была принята новая Конституция. В июне 1992 г. были проведены всеобщие выборы; МНРП осталась у власти. В июле 1992 г. премьер-министром стал экономист Пунтсагийн Жасрай, а президент Очирбат, ставший теперь независимым политиком, но пользующийся поддержкой МНДП (преемник МДП) и МСДП, был избран президентом на прямых президентских выборах в июне 1993 г. В 1993 г. экономические показатели сократились еще на 8%, несмотря на обещание Японии оказать экономическую помощь, займы от МВФ и подписание договора о дружбе и сотрудничестве с Россией, а в 1994 г. - с Китаем. Такое положение породило массовое недовольство действиями правительства, а в апреле 1994 г. лидеры МНДП и МСДП обвинили правительство в коррупции и неэффективности экономических реформ и в знак протеста объявили краткосрочную голодовку. С середины 1990-х гг. наметился бурный экономический рост, составивший в среднем 6% в год; темпы инфляции снизились. Но несмотря на это, на парламентских выборах в июне 1996 г. МНРП уступила новому ДА, в котором нашли общий язык до этого враждовавшие между собой МНДП и МСДП. ДА выступал за ускорение темпов экономической либерализации и за проведение политических реформ. В июле 1996 г. премьер-министром стал член ДА Мендсайхани Энсайхан. В августе 1996 г. было подписано соглашение о военном сотрудничестве с США. Новое правительство ДА при поддержке МВФ и Всемирного банка начало осуществление радикальной программы экономической «шоковой терапии», чтобы вывести страну к свободному рынку. В результате в апреле 1997 г. Монголия стала первой страной в мире, которая отменила все торговые налоги и тарифы. Однако это привело лишь к повышению уровня безработицы, перевалившего за отметку 15%, увеличению разницы между доходами бедных и богатых, нехватке продовольствия, росту преступности и антиправительственным демонстрациям.
В мае 1997 г. кандидат от бывшей коммунистической МНРП Н. Багабанди благодаря непопулярности действий нового правительства опередил на президентских выборах тогдашнего президента, кандидата от ДА Очирбата. Багабанди обещал увеличить затраты на социальное обеспечение и замедлить ход экономической реформы, которая стала причиной ухудшения социальных условий. Премьер-министром в апреле 1998 г. стал новый 35-летний лидер МНДП Цахиагийн Элбегдорж, бывший журналист, способствовавший свержению коммунистического режима. Но его правительство просуществовало только три месяца.
