Мысль "завести свой театр со всеми принадлежностями" возникла в иркутском обществе на рубеже XVIII-XIX веков, когда в городе разместился административный штаб освоения русского бассейна Тихого океана.
В конце 18 в. Восточной Сибирью управлял генерал-губернатор Б.Леццано. За покровительство сценическим увлечениям горожан его по праву можно считать основоположником театральных традиций города. Одна из них - постоянный патронаж театру со стороны губернских властей. Почти каждый из преемников Леццано внес вклад в развитие театрального дела в Иркутске.
Статус профессионального театр приобрел в 1850 году, когда странствующая труппа актеров осталась в Иркутске для постоянной работы. Первые спектакли профессионалов были даны в Благородном собрании. В 1851 г. при попечительстве генерал-губернатора Николая Муравьева-Амурского завершилось строительство здания для театра, которое торжественно открылось 22 сентября. В этот вечер шла пьеса Н. Полевого (уроженца Иркутска) "Русский человек добро помнит".
В 1897 состоялось официальное открытие театра. Первый сезон в новом здании Иркутского театра открылся 2 сентября 1897 спектаклем "Ревизор" Н.В. Гоголя. С первых шагов своей истории театр снискал репутацию "одного из лучших провинциальных храмов Мельпомены".
В 1918 театр перешел в ведение и распоряжение культурно-просветительского отдела при комитете советских организаций.
В 1931 в Иркутске стационировался Сибирский экспериментальный театр (СЭТ). В сезоне 1932-1933 он начал постоянную работу.
В 1967 Постановлением Совета Министров РСФСР театру было присвоено имя выдающегося российского режиссера Н.П. Охлопкова, чья театральная деятельность началась на иркутской сцене.
31 августа 1999 приказом Министра культуры Российской Федерации театру было присвоен академический статус.