О том, что обиженные жрецы культа Амона позаботились о забвении фараона Эхнатона, свидетельствует то, что упоминания о нем большей частью вычищены из истории Древнего Египта. Даже после смерти фараона его не оставляли в покое. Его гробница в Амарне была вскрыта и мумия фараона, предположительно, была перезахоронена в другом месте.
В январе 1907 года в Долине царей во время раскопок Эдвардом Расселом Айртоном (британский археолог, египтолог) была обнаружена гробница, которая получила номер «KV55». Найденные там многочисленные человеческие останки (большей частью поврежденные) натолкнули ученого на мысль, что это захоронение предназначалось для нескольких различных мумий. Но, впоследствии, на основании обнаруженного в гробнице саркофага, было выяснено, что гробница принадлежит царице Тийи (мать фараона Эхнатона). И на этом бы все завершилось, если бы не некоторые странные факты, связанные с саркофагом. Дело в том, парик, изображенный на саркофаге, мог принадлежать только женщине. Там же, на саркофаге есть упоминание о жене царя по имени Кийа. Значит саркофаг действительно ее. Но, как показали исследования, к изображению на саркофаге уже после его изготовления была прикреплена борода, а борода характерна только для мужской половины царствующих династий.
Кроме того, на входе в гробницу есть картуши (Выгравированный на камне продолговатый контур со специальным обозначением – «горизонтальная линия внизу». Такой картуш говорит о том, что на нем записано имя царя), утверждающие, что эта гробница принадлежит фараону Тутанхамону. На саркофаге (написано выше) есть имя царицы Кийи, а один из кирпичей гробницы содержит изображение имени фараона Эхнатона. То есть, гробница кого-то из указанных выше, но чья именно? Не может же быть царское погребение неким «общежитием». Хотя, ученые, как всегда, вышли из затруднительного положения, объяснив такой парадокс тем, что гробница долгое время служила захоронением разных представителей царской семьи из разных временных промежутков.
Спорный вопрос можно было решить, исследовав, непосредственно, саму мумию. Что и было сделано. Оказалось, что в саркофаге была захоронена не царица Кийа, а некий мужчина. Анализ группы крови показал, что это Тутанхамон, сын царя Эхнатона. Но, пропорции тела и черепа сходны с пропорциями статуй фараона Эхнатона…
В 2010 году группа ученых во главе с доктором Захи Хавассом (египетский историк, археолог) провела исследование мумии фараона Тутанхамона. Был проведен анализ ДНК мумии, в результате которого появилась возможность установить «личность» других мумий, обнаруженных ранее. За основу были взяты данные ДНК Тутанхамона и предполагаемых останков фараона Аменхотепа Третьего. В результате исследований останков из гробницы «KV55» было выяснено, что одна из мумий этого захоронения принадлежит отцу Тутанхамона и, эта же мумия – останки сына фараона Аменхотепа Третьего. Сложилась цепочка – Аменхотеп Третий – отец одного из гробницы «KV55», который, в свою очередь, является отцом Тутанхамона. А так как отцом Тутанхамона был Эхнатон, то значит, что в этой гробнице был похоронен именно он. Кроме него в результате анализа ДНК останков, находившихся в гробнице, удалось установить, что там были захоронены еще пять человек, среди которых бабушка Тутанхамона царица Тийа, его мать, жена Анхесенамон и двое их детей. Таким образом, если учитывать факт того, что фараон все же даже после смерти остается царем, то гробница под номером «KV55» принадлежит фараону Эхнатону.