Был такой суперкомпьютер "Антон" — 512-процессорный суперкомпьютер, созданный частной компанией D. E. Shaw Research для моделирования молекул и лекарств, назван в честь пионера микробиологии Антони ван Левенгука. Процессоры с частотой всего 400 МГц, машина имеет скромную память, но это компенсируется архитектурой, которая позволяет обойти эту проблему массивно-параллельным методом.
Эта система уникальна тем, что она следит за поведением молекул более длительное время, чем BlueGene/L. Это означает, что учёные смогут исследовать большее число биологических процессов.
Специализированный суперкомпьютер Anton 2, разработанный лабораторией D. E. Shaw Research и установленный в Питтсбургском суперкомпьютерном центре (Pittsburgh Supercomputing Center, PSC), стал доступен для специалистов, занимающихся поиском методов лечения коронавирусной инфекции.
Система способна проводить моделирование механики биохимических молекулярных взаимодействий с молекулами потенциальных лекарственных препаратов.
Эта информация является крайне важной для понимания особенностей нового коронавируса, вызвавшего пандемию COVID-19. Кроме того, она может существенно ускорить поиск и разработку новых эффективных методов лечения, профилактики и, возможно, вакцины от нового коронавируса.
Суперкомпьютер Anton 2 был разработан специально с целью моделирования молекулярной динамики белков, нуклеиновых кислот, липидов и других видов молекул. Система способна проводить эту работу в среднем в четыре раза быстрее и может моделировать движения молекулярных систем примерно в пять раз большего размера по сравнению с классическими суперкомпьютерами.
Высокий уровень производительности Anton 2 даст учёным возможность проведения длительного моделирования и наблюдения за сложными биомолекулярными системами, а также их взаимодействием с природными сигнальными молекулами и частицами препаратов-кандидатов.
Доступ к суперкомпьютеру Anton 2 предоставляется американским исследовательским командам для некоммерческих исследований на безвозмездной основе благодаря финансовой поддержке Национальных институтов здравоохранения США.
Заявки на использование суперкомпьютера Anton 2 в Питтсбургском суперкомпьютерном центре принимаются через консорциум High Performance Computing (HPC) Consortium. Им же устанавливается время использования суперкомпьютера для исследований вопросов, связанных с COVID-19.
