Промежуточное положение между севером и югом Японии занимает самый большой остров Хонсю. Он дугообразно протянулся с севера на юг от Хоккайдо до Кюсю примерно от 41° до 34° с. ш. при ширине острова в пределах 300 км. Разница по широте и рельеф острова сказались и на других его географических особенностях. В наиболее широкой части Хонсю расположен горный узел Гифу (иногда называемый Японскими Альпами). Именно здесь находится ряд горных вершин, превышающих 3 тыс. м. Среди них высочайшая вершина Японии Фудзи (3776 м) - вулкан, бездействующий с 1708 г. Эта вершина рассматривается в Японии как своеобразный символ страны.
Хребты и возвышенности вулканической цепи Фудзи образуют на Хонсю четыре водораздела. Реки имеют стоки в сторону внешнего, океанического побережья и в сторону Японского моря.
Длина рек от водораздела до побережья вследствие небольшой ширины острова невелика, хотя эти реки нередко имеют значительный бассейн, состоящий из притоков и субпритоков. В районе резкого изгиба дуги острова с востока на запад внешняя сторона суши оказывается обращенной к югу. Это так называемый район Кинки. Внутренняя, обращенная к Японскому морю часть Хонсю (Тюбу и Тюгоку), составляет особую в географическом отношении зону, тяготеющую к материку.
По всему внешнему периметру обращенная к Тихому океану часть Хонсю находится под смягчающим влиянием океана с его течениями. Здесь расположены наиболее обширные и удобные для жизни низменности, орошаемые речными стоками, и речные долины. Именно эта часть страны является наиболее густонаселенной и промышленно развитой. В восточной части Хонсю находится самая большая по своим размерам равнина Японии — Канто (13 тыс. кв. км).
Здесь расположена столица и крупнейший промышленный центр страны — Токио с его городами-спутниками, прилегающими к Токийскому заливу. Имеется несколько значительно меньших равнин, где также расположены густонаселенные и промышленно развитые центры, например, равнина Кинкай (1, 2 тыс. кв. км) у Осакского залива Внутреннего моря. Обширная низменность — равнина Токати — расположена у юго-восточного побережья о-ва Хоккайдо (3, 6 тыс. кв. км). Исторически складывавшаяся закономерность концентрации населения на равнинах и в долинах рек сохранилась и теперь. Равнинная часть островов наиболее промышленно развита.
Климатические условия в целом в Японии благоприятны. Летние муссоны приносят тепло и влагу со стороны океана, что делает климат островной Японии более мягким, чем климат лежащих под соответствующими широтами соседних районов материка. К тому же берега Японии омываются океаническим теплым течением Куро-Сиво. Это течение вместе с теплом несет питательный планктон.
Разветвляясь в Восточно-Китайском море, Куро-Сиво не только оказывает смягчающее влияние на климат страны, но и способствует обогащению прилегающей к островам акватории морепродуктами. После разветвления Куро-Сиво более мощная ветвь этого течения омывает восточные берега Кюсю – Сикоку - и юго-восточный берег Хонсю. Менее мощная ветвь (Цусимское течение) омывает западный берег Хонсю.
