К середине 1924 г. в Москве решили, что пришло время оформить национальные республики на Востоке. С этой целью было проведено мероприятие, вошедшее в историю как национально-государственное размежевание Средней Азии. Местные коммунисты предлагали сохранить Бухарскую и Хорезмскую республики либо сформировать Среднеазиатскую Федерацию, но эти инициативы были отклонены. Также не прошла идея создания Таджикско-Узбекской СССР.
Сталин ставил перед собой совершенно другие цели. Нужно было разделить население Туркестана, а не объединять его. Как и в Закавказье границы проводились таким образом, чтобы не допустить чрезмерного усиление какой-либо народности. Перед большевиками стояли две главные задачи. С одной стороны следовало нейтрализовать влияние ислама как фактора, объединяющего население Туркестана. С другой стороны, нужно было ликвидировать клановую структуру общества, превратив союзы племен в некое подобие народов, сплоченных социалистической идеологией.
Хива и Бухара утрачивали последнее подобие независимости. Их территория была перекроена и вошла в состав СССР. Туркестанская АССР также ликвидировалась. На землях трех упраздненных государственных образований создавались Узбекская и Туркменская ССР, которые напрямую входили в Советский Союз. Кроме того, в составе Узбекской ССР образовывалась Таджикская АССР, в составе Казахской АССР – Каракалпакская АССР, а в составе РСФСР – Каракиргизская автономная область.
Большевики специально вынесли столицы новых республик из традиционных исламских политических центров, чтобы лишить традиционные элиты рычагов власти. Так, административным центром Восточной Бухары, превратившейся в Таджикскую АССР, вместо древнего Гиссара стал кишлак Душанбе, спешно получивший статус города. Столицей Узбекистана стал Ташкент - оплот русского влияния в регионе. Самарканд и Бухара оказались отрезанными от таджикского государственного образования.
При создании правительств новый республик официально Москва руководствовалась принципом так называемой «коренизации», то есть использования местных кадров. Однако на практике большевики старались на все более-менее важные посты поставить славян. Это было обусловлено как желанием сохранить контроль над регионом, так и почти полным отсутствием местной интеллигенции, согласной сотрудничать с режимом.
Коммунистам пришлось смириться с тем, что государственные должности занимали выходцы из белой кости, поскольку только они имели высшее образование. Многие местные руководители носили фамилии Ходжаев (от ходжа), Тураев (от Тура – легендарного прородителя тюрков) или прибавляли к фамилии приставку хан. Не все было в порядке и с национальной принадлежностью новой правящей элитой. В Казахстане шла жесткая борьба между представителями Малой, Средней и Старшей орды. По сложившейся в те годы традицией Узбекистаном управляли таджики, а Таджикистаном – узбеки.
Только в 1936 г. Казахстан был выведен из состава РСФСР и получил статут союзной республики. Административным центром новой республики стала Алма-Ата, куда столица бела перенесена из Кызыл-Орды в связи с началом коллективизации еще в 1929 г. Одновременно была создана Киргизская СССР. Таким образом формирование союзных республик в этом регионе было завершено.
