Найти в Дзене
Оценка популяционной близости на основе IBD
Я решил изучить ещё один способ анализа своего генетического образца - через модельную оценку генетического сходства с представителями различных современных популяций. Для этого я использовал инструмент PLINK, который позволяет вычислить показатель PI_HAT. Этот коэффициент оценивает долю генома, вероятно идентичную по происхождению (Identity-by-Descent, IBD), на основе наблюдаемого сходства генотипов (Identity-by-State, IBS). Иными словами, PI_HAT позволяет количественно оценить степень генетической близости между отдельными индивидами...
1 неделю назад
FST, PCA и qpAdm как методы анализа моего генетического образца
Продолжая свои эксперименты с генетическими данными, я наконец-то освоил инструменты AdmixTools и применил их для расчёта FST, анализа главных компонент (PCA) и моделирования древних примесей с помощью qpAdm. Эти методы позволяют рассматривать мой генетический образец не как набор чисел, а как часть общей картины генетического разнообразия, где каждая популяция занимает своё место, а степень их близости можно оценить количественно и визуально. AdmixTools - это программный пакет, разработанный для...
4 месяца назад
Мой эксперимент с VCF и импьютацией
Я - энтузиаст, а не профессиональный биоинформатик, но мне всегда было интересно, как устроены генетические сервисы «изнутри». Всё началось со стандартной операции: я скачал VCF‑файл из личного кабинета Генотек, конвертировал его в формат 23andMe V5 через DNA Kit Studio и загрузил полученный файл на GEDmatch. Но столкнулся с неожиданной ошибкой: Status: Matchy - too many matches GEDmatch не объясняет, что именно значит «слишком много совпадений» - это не баг с понятной ошибкой, а некое «статус‑сообщение», после которого система просто отказывает в выдаче результатов...
104 читали · 7 месяцев назад
OSINT и генеалогия: пересечение технологий и истории
Генеалогия всё чаще пересекается с миром информационных технологий. OSINT, изначально использовавшийся в сфере безопасности и разведки, находит всё больше применений в мирной и очень личной области - поиске корней. OSINT (Open Source Intelligence) - это сбор и анализ информации из открытых источников. Это не шпионаж и не взлом, а умение искать, анализировать и сопоставлять доступную информацию. Иными словами, OSINT - это искусство находить нужные факты там, где они лежат на поверхности, но требуют внимания и системности...
10 месяцев назад
Личный опыт: я сдал ДНК-тесты в 5 компаниях и вот что получилось
Чтобы разобраться, насколько разнятся результаты у разных компаний, я решил провести эксперимент: сдал ДНК-тесты в пяти компаниях - Генотек, Атлас, FTDNA, MyHeritage и Ancestry. В этой статье я подробно расскажу о своем опыте: сравню стоимость, сроки, удобство использования и, главное, результаты тестирования. Прежде чем перейти к результатам ДНК-тестов, важно рассмотреть мое этническое происхождение, подтвержденное документально. Согласно имеющимся у меня документам, моя родословная охватывает несколько регионов России и даже выходит за её пределы...
9555 читали · 11 месяцев назад
Если нравится — подпишитесь
Так вы не пропустите новые публикации этого канала