Предыстория После событий первой части игры прошло уже около 20 лет. После того, как Нихилант был уничтожен учёным в очках и защитном костюме, по всей планете начались портальные штормы. Из-за них многие существа мира Зен попали на Землю. Вся эта ситуация привлекла внимание Совета некоего межгалактического Альянса, и спустя некоторое время его войска вторглись на Землю. Человечество не было готово к такому разрыву в военных силах, и пало спустя 7 часов после начала войны. Уоллес Брин, бывший директор Чёрной Мезы, убедил людей сдаться, получив покровительство Совета...